Особенностью собора является двустолпная конструкция сводчатого перекрытия интерьера с центральным барабаном, расположенным строго на оси столбов (истинное двустолпие, по определению Всеволода Петровича Выголова). Такое решение нетипично для позднесредневековой русской архитектуры, тем не менее, подобную конструкцию имеют несколько соборов второй половины XVII в. От столпов на восточную и западную стены перекинуты мощные подпружные арки, которые служат основанием для лотковых сводов, прорезанных пятью барабанами. Приделы перекрыты коробовыми сводами и отделены от галерей арочными проёмами. Отсутствие апсидных выступов у приделов объясняется тем, что они были возведены на фундаментах «палаток и папертей» предыдущей постройки. Фасады основного объёма разделены плоскими лопатками, переходящими на уровне окон в парные полуколонки. Венчает фасады фриз из кокошников, украшенных в XVIII в. живописными композициями. При украшении порталов, наличников окон, тяг, карнизов использовано около 50 типов профилированных кирпичей: валики, полочки, гуськи, шары, балясины, розанчики, халы и т.д. Оконные проёмы основного объёма обрамлены полуколонками, разорванными навершиями изогнутой формы. Узор наличников западной галереи напоминает памятники Каргополья конца XVII в. Воскресенский собор представляет собой образец искусства переходного периода, в котором объединены древнерусские традиции и нововведения, связанные с влиянием нарышкинского стиля; к числу последних исследователи относят гранёные формы апсиды и барабанов, а также форму наличников основного объёма. Памятник реставрировали в 1965–1973 гг. по проекту архитектора Новгородской специальной научно-реставрационной производственной мастерской (НСНРПМ) Н.Н. Кузьминой, реставрацию кирпичного декора исполнил Ю.И. Марков, в обмерах принимали участие Г.П. Никольская и П.И. Анисимова. В XVIII в. стены основного объёма были украшены живописью по тонкому левкасу, следы которой обнаружены в процессе реставрационных работ. Живописные композиции располагались в простенках между окнами, на притолоках оконных проёмов. Картинные изображения выделялись на белой глади стен. Живопись XVIII в. позднее была забелена. В конце XIX – начале XX вв. выступившие из-под побелки композиции поновил местный художник Маленьков. В 1740 гг. в основном объёме и южном приделе были устроены резные иконостасы. Договор на изготовление иконостаса в главный храм был заключён с резчиком Гаврилой Малявиным. Колонны предполагалось исполнить в технике сквозной (флемованной) резьбы. Орнаментальная резьба дополнялась объёмной скульптурой.