Постановление реализовано не было, и епархиальное училище продолжало соседствовать с Деревяницким монастырём до 1917/1918 учебного года, когда оно было закрыто. В XVII в. монастырю принадлежали вотчины в Обонежской, Водской и Бежецкой пятинах – в погостах Андреевском Грузинском, Деревяницком и Прокофьевском Бельском. К 1653 г. в этих вотчинах за Деревяницким монастырём числилось 167 крестьянских дворов, с которых взимались налоги, к 1686 г. – 194 двора. Монастырю принадлежало два подворья в Новгороде – в Детинце и на Буяне ул. (последнее упоминается в середине XVI в. как принадлежавшее Коневецкому монастырю). Во второй половине XVII в. налоги с Деревяницкого монастыря увеличились: деньги собирались на жалованье «ратным людям», на реконструкцию городских укреплений, на строительство мостов и дорог, на судовой подъём по реке Мсте, когда перевозились оружейные припасы. Взимались также «ямские подможные», даточные конные, «становые» (содержание земского дьячка, целовальника, тюремного сторожа, палача, покупка бумаги) деньги. Царь Алексей Михайлович ввёл государственную соляную пошлину. Кроме того, Деревяницкий монастырь обязывался поставлять из крестьянского населения «ратных людей» в полном вооружении. Так, в 1677 г. со 165 дворов должен был предоставить на государеву службу шесть человек. В 1712 г. князь Александр Данилович Меншиков, захватив у монастыря село Грузино, отдал взамен Лопский погост с деревнями в Старорусском уезде, отчего обитель «пришла в оскудание», но в 1727 г. указом Петра I Грузинскую вотчину вернули монастырю. В 1744 г. во владениях Деревяницкого монастыря числилось 1 444 крестьянина. Согласно описи 1583 г., приведённой архимандритом Амвросием (Орнатским), в монастыре находились каменные Воскресенский и Успенский храмы, а также деревянная церковь Николая Чудотворца с трапезной. В челобитной насельников 1610 г. названо три храма: Воскресенский, Успенский и «великого чюдотворца Николы». Во время шведской оккупации Новгорода в 1611–1617 гг. Деревяницкий монастырь был «разорён до основания». Согласно описи 1617 г., храмы стояли без кровель, церковное имущество разграблено, кельи и ограда сожжены. После 1617 г. Успенская церковь, как полагают исследователи, не возобновлялась. Были восстановлены Воскресенский храм (к 1620 г.), деревянная церковь во имя Николая Чудотворца с трапезной палатой, началось строительство келий. В 1663 г. Никольская церковь сгорела, но в 1672 г. была возобновлена. В 1693 г., при игумене Маркелле, по благословению Новгородского митрополита Корнилия началось строительство деревянной надвратной церкви в честь Тихвинской иконы Божьей Матери. К концу XVII в. настоятельские и братские кельи, хозяйственные службы и другие постройки также были деревянными. С 1694 г. и в первую треть XVIII в. в Деревяницком монастыре велись каменные строительные работы, в результате которых монастырский ансамбль был полностью обновлён. В 1694 г. был разобран каменный Воскресенский собор, и в 1695 г. по благословению митрополита Корнилия «царского Величества ближний боярин и воевода князь Борис Иванович Прозоровский на том же месте завёл церковь великую и строил тое церковь три лета из монастырской казны».