Уравновешенность масс, пространственная определённость, ясные, гармоничные формы позволили добиться цельности художественного решения, воплощённого силами обширной мастерской, доверительной интонации живого рассказа, её искреннего и просветлённого переживания («Святой Франциск проповедует птицам», «Изгнание бесов из Ареццо»), сочетающегося с героикой эпической драмы. С именем Джотто связывают также росписи в Нижней церкви Сан-Франческо в Ассизи: капелла св. Магдалины в северном крыле трансепта (1313–1314 гг.), своды над алтарём (около 1334 г.). В 1299 г. Джотто был призван папой Бонифацием VIII в Рим для росписи церкви Сан-Джованни ин Латерано, где он выполнил фреску «Бонифаций VIII объявляет Юбилей» (сохранилась частично). 1300 годом датируют фрагментарно сохранившуюся мозаику «Христос, шествующий по водам» для атриума раннехристианского собора св. Петра (Рим, Ватиканские гроты), изображающую Христа и ладью со святыми – символ спасительной миссии церкви. Ч. Ньюди датирует мозаику более поздним временем – 1312–1313 гг. Шедевром Джотто являются фрески Капеллы дельи Скровеньи (Капеллы дель Арена) в Падуе, выполненные между 1304 и 1310 гг. по заказу Энрико Скровеньи, – уникальный по целостности художественный ансамбль, включающий более 70 сцен из цикла земной жизни Христа и Богоматери. Помимо художественных достоинств (мастерства в передаче пространственной глубины за счёт чередования планов, пластической определённости объёмов, выразительности фигурных групп, тонкого колорита) фрески обладают чертами эпической драмы, созданной для возвышения, поучения и предостережения. Жизнь и Страдания Христа представлены в них как нравственный пример, а Христос – как идеальное воплощение всепобеждающей силы любви и добра. В Падуе Джотто участвовал в украшении церкви Сант-Антонио и расписывал Палаццо делла Раджоне (фрески не сохранились). Около 1310 г. написал для церкви Оньиссанти (Всех святых) во Флоренции большой алтарный образ «Мадонна на троне» (Галерея Уффици, Флоренция), стилистически близкий к фрескам Капеллы дельи Скровеньи. Распространению влияния искусства Джотто в поздний период способствовали многочисленные заказы из Флоренции, Римини, Милана, Неаполя. Особое место среди произведений этого времени занимают фрески Капеллы Барди и Капеллы Перуцци во францисканской церкви Санта-Кроче во Флоренции, оказавшие большое влияние на формирование местной художественной школы, в том числе на творчество Мазаччо и Микеланджело. Росписи Капеллы Перуцци посвящены апостолу Иоанну Богослову и св. Иоанну Крестителю, более поздние фрески Капеллы Барди – истории св. Франциска. Проработка архитектурных фонов позволяет выявить глубину пространства, акцентированная светотеневая моделировка форм и смягчение контуров придают убедительности фигурам, отмеченным естественностью поз и свободой движений, портретностью лиц. В сценах из Жития св. Франциска Джотто достиг искренности переживания и эмоциональной достоверности рассказа. К позднему периоду исследователи относят созданные при участии мастерской полиптих Стефанески (Ватиканская пинакотека), полиптих Барончелли (музей церкви Санта-Кроче, Флоренция), полиптих (Национальная пинакотека, Болонья), отражающие усиление готических влияний в творчестве Джотто. В 1334 г. коммуна Флоренции назначила его руководителем строительства собора Санта-Мария дель Фьоре и возведения крепостных стен. По проекту Джотто была построена колокольня собора (архитектор Франческо Таленти, 1359 г.), и выполнен её рельефный декор (скульптор Андреа Пизано). Джотто умер до окончания строительства и был похоронен в церкви Санта-Кроче.