Доминик продолжал отстаивать мнение, что церковные учреждения не являются вассалами короля, а их имущество – условной собственностью, предоставляемой монархом на время несения определённой службы. Спор начал переходить в политические обвинения, поэтому настоятель Гомесан благословил Доминика покинуть Наварру, назначив его управляющим небольшим монастырским имением близ города Бургос, в королевстве Кастилия. Из-за конфликта с Гарсией V Санчесом имя Доминика стало известно далеко за пределами Наварры. После прибытия подвижника в Бургос он был сразу же приглашён ко двору короля Фердинанда I (1035–1065 гг.), брата короля Наварры, принявшего его милостиво (1040 г.). Некоторое время Доминик жил в уединении, управляя монастырским имением. Король Фердинанд вызвал его ко двору и назначил настоятелем Силосского монастыря св. Севастиана, который находился в упадке. Доминик ревностно принялся за восстановление обители. Он провёл в монастыре преобразования в духе клюнийской реформы, привёл в порядок хозяйство обители, способствовал увеличению числа монахов, занимался восстановлением и строительством зданий, устроил обширный скрипторий, помогал бедным и выкупал пленных, попавших к маврам. Благодаря усилиям Доминика монастырь Силос стал центром духовности, образования и культуры средневековой Испании. В 1054 г., во время конфликта между Фердинандом I и Гарсией III Санчесом, Доминик вместе с настоятелем монастыря Спасителя (Сан-Сальвадор де Онья) Иньиго вошёл в состав посольства к королю Наварры, однако не сумел добиться мира между христианскими правителями. Конфликт окончился поражением и гибелью Гарсии III Санчеса. Территория бывшего королевства Вигера отошла Кастилии. Исследователям неизвестно, посетил ли Доминик родину. В поздних Житиях записаны народные предания о деятельности и чудесах Доминика на землях, впоследствии составивших область Ла-Риоха. Они появились в текстах Жития из-за смешения Доминика с его младшим современником св. Домиником Кальсадским (около 1019 – 1109 гг., память в католической церкви 12 мая), подвизавшимся в Ла-Риохе. В 1061 г. Доминик участвовал в перенесении мощей мучеников Викентия, Сабины и Кристеты из Авилы в монастырь св. Петра (Сан-Педро де Арланса), предпринятом по инициативе настоятеля монастыря св. Гарсии Арланского (ум. в 1073 г., память в католической церкви 26 сентября) и с позволения короля Фердинанда. Позднее Доминик принял участие в перенесении в Леон мощей Гиспальского (Севильского) епископа Исидора, полученных королём Фердинандом от эмира Севильи Аббада аль-Мутадида (1063 г.). До смерти короля Фердинанда в 1065 г. Доминик был его советником и участвовал в решении государственных вопросов. Новый король Кастилии Санчо II (1065–1072 гг.) после восшествия на престол также призвал Доминика ко двору. Исследователи полагают, что в это время подвижник сблизился с Родриго Диасом де Виваром (Сидом Кампеадором), который занимал при Санчо II должность королевского альфереса (оруженосца). Владения Родриго де Вивара располагались рядом с монастырём Силос. Доминик поставил подпись под его дарственной грамотой в пользу монастыря Сан-Педро де Арланса (1069 г.). В октябре 1072 г. Доминик был среди единомышленников Родриго де Вивара, которые потребовали от короля Леона Альфонса VI в качестве условия признания его королём Кастилии поклясться в том, что он непричастен к убийству своего брата короля Санчо II.