Через два года настоятель монастыря Санчо назначил его преподавателем обучавшихся при обители отроков (infantium magister). Новый настоятель Гарсия решил восстановить приорат Богородицы в Каньясе и назначил Доминика приором (1035 г.). Церковь Богородицы в Каньясе некогда принадлежала монастырю Емилиана, однако впоследствии перешла в юрисдикцию епископа Калаорры и стала приходской. При поддержке короля Наварры Гарсии V (III) Санчеса (1035–1054 гг.) настоятель Гарсия решил вернуть церковь монастырю. Из послушания настоятелю Доминик согласился принять служение приора и вернулся в родное селение. Жители Каньяса и даже родственники Доминика приняли его враждебно, однако он простотой обхождения, незлобивостью, благочестием и усердными трудами по восстановлению приората вскоре расположил к себе местных жителей, и они стали помогать ему в деле устроения жизни монашеской общины. При их помощи Доминик построил в Каньясе новую церковь, на освящение которой из Нахеры прибыл епископ Санчо. Епископу донесли, что Доминик некоторое время жил в одном доме с матерью и сестрой. Епископ Санчо обвинил Доминика в недостойном монаха поведении и покинул Каньяс, отказавшись освящать церковь. В Житиях сообщается, что по пути некое дикое животное, рыча, преградило дорогу епископу. Попытки епископской свиты прогнать зверя не увенчались успехом. Тогда епископ вернулся в Каньяс и извинился перед Домиником. В 1036 г. настоятель Гарсия вызвал Доминика в Сан-Мильян де ла Коголья и назначил великим приором монастыря. Доминик приложил большие усилия для строгого соблюдения в монастыре Устава Венедикта Нурсийского. В его распоряжении оказалось также управление имуществом монастыря. Через несколько месяцев покровитель Доминика скончался, и настоятелем стал друг короля Гарсии V Санчеса Гомесан, бывший великий приор, отстранённый Гарсией в пользу Доминика. Агиографы писали, что Гомесан ненавидел Доминика, однако в Житиях упоминается, что настоятель не раз помогал подвижнику, уважая его как строгого поборника монашеской дисциплины и умелого администратора. В 1040 г. король Гарсия V Санчес прибыл в Сан-Мильян де ла Коголья и потребовал от настоятеля денег, поскольку королевская казна истощилась. Доминик заявил королю, что это требование противоречит церковным канонам, и никто не имеет права претендовать на имущество, принадлежащее церкви. Король возразил, что может не только даровать что-либо церкви, но и взять дары обратно, поскольку они являются его законной собственностью, передаваемой церкви во временное пользование. Между королём и Домиником разгорелся спор, однако настоятель Гомесан попытался замять конфликт. Доминик взял самые ценные предметы и положил в раку с мощами Емилиана. После богослужения, на котором присутствовал король, Доминик призвал его забрать у святого имущество, которое считает своим, если имеет для этого достаточно дерзости. Король счёл поступок Доминика оскорбительным и потребовал от Гомесана наказать подвижника. Настоятель был вынужден сместить Доминика с должности великого приора и направил его в маленький приорат св. Христофора в Трес-Сельдас, куда за ним последовали некоторые монахи. Король счёл наказание слишком мягким и обвинил подвижника в распространении порочащих слухов.