16 марта 1880 г. по инициативе М.П. Сабинина гробница Додо Гареджийского была вскрыта, «очистили церковь, и показалась могила, гладко оштукатуренная, а на ней изображён лик преподобного Додо, и имела могила отверстие для продевания руки в неё, дабы богомольцы брали оттуда землю для евлогии и приходящих с упованием». Мощи Додо Гареджийского были перенесены из опустевшего монастыря Додос Рка в Давидгареджийскую лавру и упокоены на могиле преподобного Давида Гареджийского. 19 марта М.П. Сабинин и местный князь Спиридон заказали в Тифлисе раку из орехового дерева. Однако когда рака была доставлена в Гареджи, архимандрит Макарий, воспользовавшись отъездом М.П. Сабинина в Россию, направил донос в Грузино-Имеретинскую синодальную контору, в результате чего появилась резолюция о погребении мощей Додо Гареджийского в церковном дворе. Настоятель монастыря архимандрит Григорий (Дадиани) последовал приказу, братия «на скорую руку смастерили небольшую деревянную раку и поместили туда благословенные и священноблагоухающие мощи святого Додо, которые по распоряжению того же Макария были похоронены в монастырской ограде, там, где в прошлом так же были захоронены святые мощи преподобного Шио Младшего и других мучеников, поминающихся 1 июня». Эти действия вызвали неоднозначную реакцию общественности: был опубликован критический отзыв И. Бердзенишвили, возникла полемика, после чего мощи Додо Гареджийского были упокоены в Преображенской церкви. Поскольку результаты расчистки двора лавры, осуществлённые в начале XXI в., не выявили следов первичного захоронения раки во дворе, сведения, опубликованные М.П. Сабининым, исследователи не могут считать вполне достоверными. В 1913 г. по инициативе праведного Евфимия Такаишвили была организована экспедиция в несколько монастырей Гареджийского многогорья. Рака, установленная в северо-восточном рукаве Преображенской церкви, повторявшая формой и размерами могилу св. Давида, была известна как место погребения Додо Гареджийского, но Георгий Чубинашвили считал её усыпальницей преподобного Лукиана Гареджийского. Сохранилась фотография раки, сделанная Ф. Кюне, одним из членов экспедиции. Как полагают исследователи, рака была изготовлена из дерева, украшена металлическими, возможно, бронзовыми, деталями и находилась под покровом. На гробницу был возложен живописный образ Додо Гареджийского. Мощи помещены в специально высеченную в полу небольшую раку. В начале 1920 гг. с закрытием Давидгареджийской лавры и остальные монастыри Гареджи пришли в упадок и опустели. В 1917–1918 гг. лавра несколько раз подвергалась нападению, пострадали местные святыни, были разорены раки преподобных Давида и Додо Гареджийского. В 1960 гг., во время восстановительных работ в лавре, раки покрыли бетонным раствором. В начале августа 2000 г. с благословения католикоса патриарха всей Грузии Илии II (Гудушаури-Шиолашвили) рака Додо Гареджийского была вскрыта.