Благодаря этому успеху Ян Длугош получил место воспитателя королевских сыновей. В 1471 г. сопровождал королевича Владислава, избранного чешским королём, на коронацию в Прагу. Там Яну Длугошу предложили занять вакантную архиепископскую кафедру, от чего он отказался. Вскоре из-за болезни Ян Длугош вынужден был вернуться в Польшу. В 1478 г. участвовал в мирных переговорах с венгерским королём Матвеем Корвином (Матьяшем Хуньяди). Перед смертью был поставлен Львовским архиепископом, но папская булла с утверждением его в сане не застала Яна Длугоша в живых. Его главный труд «История Польши» состоит из 12 книг и содержит летопись событий с библейских времён до первых месяцев 1480 г. Каждая из десяти первых книг начинается подробным географическим описанием. Последние две – более объёмны; они основываются на личном опыте Яна Длугоша и устных свидетельствах современников. Часть сочинения до начала XV в. сохранилась в авторстве Яна Длугоша. При составлении «Анналов...» Ян Длугош использовал все доступные ему источники как польские, так и иностранного происхождения: материалы государственных и церковных архивов, польские, чешские и венгерские хроники, русские и литовские летописи. Некоторые из этих источников не сохранились до настоящего времени и известны лишь в его пересказе. Определённую роль сыграл его дипломатический опыт. Перед хронистом стояла трудная задача – свести в единое целое многие известные ему источники. Характер работы Яна Длугоша с данными текстами (вставки, подклейки и др.) в значительной мере позволяет исследователям реконструировать процесс написания книг. История Польши, как было принято в средневековых хрониках, представлена на фоне всемирной истории, истории католической церкви, сопредельных земель (в том числе Руси), сделаны обширные экскурсы в историю других стран. Особое значение имеют «Анналы...» для изучения событий польской истории XIII в., где Ян Длугош использовал несохранившуюся хронику, составленную в кругу польских доминиканцев. «Анналы...» – главный нарративный источник польской истории (и отчасти истории Великого княжества Литовского) конца XIV – XV в., однако события освещаются с позиций той группировки, к которой принадлежал автор. Так, он постоянно отмечает превосходство католической церкви над светской властью, в росте прав и привилегий светских феодалов видит опасность для государства, неоднократно критикует вельмож за то, что они заботятся о собственных интересах, а не об интересах страны.