28 мая в кремль пришла большая толпа крестьян из сёл Селище и Минское, принадлежавших в то время боярину Глебу Ивановичу Морозову (мужу Феодосии Прокофьевны Морозовой – будущей поборнице старообрядчества). Толпа, в которой было много пьяных, сбив замок, освободила узников. Мятежники избили несколько сторонников протопопа, искали и Даниила, который, спасая свою жизнь, сначала укрылся в соборе, затем два дня жил в находящемся в кремле Крестовоздвиженском монастыре. Во время бесчинств воевода, двор которого находился вблизи от собора, также не принял мер к восстановлению порядка. В первых числах июня Даниил покинул Кострому и отправился в Москву (изгнанный из Юрьевца и направлявшийся в Москву Аввакум 1–3 июня находился в Костроме и позднее писал в своём Житии об изгнании оттуда Даниила). Прибыв в столицу, Даниил подал на имя царя челобитную с описанием событий в Костроме. По этой челобитной стольнику Василию Михайловичу Еропкину было поручено произвести в Костроме и уезде следствие, материалы которого свидетельствуют о недовольстве настоятелем собора большей части костромичей и жителей окрестных селений. Накануне Великого поста, в 20-х числах февраля 1653 г., незадолго до этого возведённый на патриарший престол Никон разослал по московским церквам «Память», в которой предписывалось изменение количества поклонов во время великопостного богослужения и замена двуперстного сложения для крестного знамения троеперстным. По решению кружка боголюбцев в конце февраля 1653 г. Аввакум и Даниил написали протестующую челобитную – «О сложении перст и о поклонех», которую подали царю Алексею Михайловичу (челобитная не сохранилась). 4 августа 1653 г. в Москве был арестован и вскоре сослан в Спасо-Каменный монастырь на Кубенском озере Иван Неронов – один из главных противников богослужебных нововведений. Аввакум и Даниил вновь подали царю челобитную, протестуя против ареста Неронова. Через несколько дней Аввакума арестовали и сослали в Сибирь. Тогда же, видимо, в конце августа, был схвачен и Даниил; по свидетельству Аввакума, арест произошёл «в монастыре за Тверскими вороты». По приказу патриарха Даниил был лишён сана и отправлен в Чудов монастырь «в хлебню». Затем Даниила сослали в Астрахань, где заключили в земляную тюрьму, в которой он вскоре скончался. Место его погребения неизвестно. Со времени начала церковного раскола в середине XVII в. Даниил наряду с Аввакумом, Ф.П. Морозовой, Коломенским епископом Павлом почитался старообрядцами как мученик. Последний до Октябрьской революции Освященный собор Русской православной старообрядческой церкви, состоявшийся на Рогожском кладбище в Москве, 31 мая 1917 г. постановил прославить Даниила в числе других мучеников раннего старообрядчества (память 3 сентября). Службу Даниилу составил старообрядческий Нижегородский и Костромской епископ Иннокентий (Усов; впоследствии митрополит Белокриницкий). Первая икона Даниила была написана в 2003 г. для старообрядческой церкви Рождества Богородицы в селе Дурасове Красносельского района Костромской области (иконописец Ирина Владимировна Никольская). На ней изображённый во весь рост Даниил благословляет Кострому, осенённую Феодоровской иконой Божьей Матери.