После многочисленных обращений верующих 8 апреля 1922 г. освобождён под подписку о невыезде из пределов Болховского и Мценского уездов и под запретом присутствовать на богослужениях. В связи с арестом епископа Серафима вступил во временное управление Орловской епархией. Проявил себя непоколебимым борцом с обновленчеством. По версии обновленцев, 17 мая 1922 г. на созванном ими собрании духовенства Даниил признал Высшее церковное управление (ВЦУ), в связи с чем ВЦУ официально утвердило его временно управляющим Орловской епархией. Однако в доносах на архиерея местных представителей «Живой церкви» сообщалось, что Даниил категорически отказался благословить организацию ими обновленческого епархиального управления. Приходские общины и монастыри Орловской епархии, отказываясь подчиняться ВЦУ и «Живой церкви», обращались к Даниилу с просьбами принять их в своё архипастырское окормление. В ответ обновленцы развязали против архиерея клеветническую кампанию в местных газетах, выпускали порочащие епископа листки, составляли доносы в государственные органы. Губернский отдел ГПУ НКВД с беспокойством отмечал, что Даниил «пользуется большой популярностью среди верующих во всей Орловской губернии». 28 октября 1922 г. он был вторично арестован по обвинению в «контрреволюционной агитации и умышленном сокрытии от Советской власти церковных ценностей». Виновным себя не признал. 27 декабря того же года Комиссией НКВД по административным высылкам приговорён к двум годам ссылки в Хиву. Ссылку отбывал в Пенджикенте, где 31 мая 1923 г. вместе с Суздальским епископом Василием (Зуммером) тайно совершил хиротонию Луки (Войно-Ясенецкого) во епископа Ташкентского и Туркестанского. После освобождения из ссылки проживал в Москве. Подписал письмо 25 архиереев от 2 апреля 1926 г. в поддержку канонических мер прещений, предпринятых Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) против организаторов григорианского раскола. Вскоре Даниил был арестован, помещён в Бутырскую тюрьму. В сентябре 1926 г. выслан в город Кинешму Костромской губернии. В 1927 г. назначен епископом Шадринским, викарием Свердловской епархии, но в должность, как полагают исследователи, не вступил. Осенью 1928 г. Шадринским епископом был назначен священноисповедник Виктор (Островидов), отказавшийся от этого назначения. 24 мая 1928 г. Шадринскую кафедру занял епископ Валериан (Рудич), а Даниил был назначен на его место епископом Рославльским, викарием Смоленской епархии. Впоследствии был арестован по обвинению в «агитации против колхозов», выслан в Северный край. С августа 1931 г., после возвращения из ссылки, – епископ Орловский. В декабре того же года назначен епископом Брянским. Запомнился жителям Брянска пламенными проповедями. При Данииле были обретены и перезахоронены во избежание поругания под алтарём Введенского храма брянского во имя святых апостолов Петра и Павла монастыря (ныне женский) мощи князя Олега Романовича Брянского. 7 января 1934 г. Даниил был возведён в сан архиепископа. Вскоре арестован, скончался в тюрьме. Комиссия по канонизации Брянской епархии подготовила материалы к прославлению Даниила в лике святых новомучеников и исповедников Российских.