Один из основателей пронацистского религиозного движения «Немецкие христиане», Вильгельм Кубе, назвал мартовское послание Фридриха Карла Отто Дибелиуса «неслыханным нападением на наше (национал-социалистское) движение». 1 апреля 1933 г. Фридрих Карл Отто Дибелиус поддержал объявленный государством бойкот еврейских товаров, исходя из убеждений, что он вызван желанием снизить еврейское влияние в общественной жизни Германии. В июне 1933 г. оказался одним из первых священников, уволенных со службы в процессе борьбы за унификацию церковных земель. В ответ на это в открытом письме к Альберту Йегеру, государственному комиссару по делам прусских евангелических церквей (27 июня 1933 г.), Фридрих Карл Отто Дибелиус выступил против вмешательства государства в церковные дела. Письмо получило отклик в церковных кругах, и 2 июля во всех евангелических общинах Курмарка состоялись протестные богослужения. Властями были приняты дисциплинарные меры по отношению к поддержавшим воззвание Фридриха Карла Отто Дибелиуса. Осенью 1933 г. в рядах Немецкой евангелической церкви возникла оппозиция, так называемая Чрезвычайная пасторская лига во главе с Мартином Фридрихом Густавом Эмилем Нимёллером, позднее расширившаяся до Исповеднического фронта (Bekenntnisfront) и образованной в мае 1934 г. Исповедующей Церкви. Оппозиция возникла после того, как 7 апреля 1933 г. был принят закон, включавший так называемый арийский параграф, который давал право увольнять с государственной службы лиц еврейской национальности (а осенью 1933 г. на прусском Генеральном синоде был поставлен вопрос об исключении из церкви священников еврейской национальности). В начавшейся церковной борьбе Фридрих Карл Отто Дибелиус принял сторону оппозиции, которая отстаивала самостоятельность церкви и выступала против очернения христианства нацистами. С 1 декабря 1933 г. проповедовал в Сан-Ремо (Италия). Возвратившись в Германию 1 июля 1934 г., приступил к работе в Бранденбургском Братском совете Исповедующей Церкви. В 1936 г. принял участие в Синоде Исповедующей Церкви в Бад-Энхаузене. В том же году вошёл в состав одного из руководящих её органов – Имперского Братского совета. В меморандуме Исповедующей Церкви правительству и фюреру (от 4 июня 1936 г.) осуждались концлагеря, притеснение церкви и другие антиправовые действия властей. В августе 1936 г. на основе меморандума во многих церквах было прочитано так называемое Кафедральное послание (Kanzelabekündigung), подготовленное Фридрихом Карлом Отто Дибелиусом и утверждённое Имперским Братским советом в Берлине. 21 августа 1936 г. Министерство по делам церкви разослало телеграммы с требованием запрета прочтения послания, гестапо изъяло тексты (было напечатано около 1 млн. экз.).