С января 1903 г. И.А. Джавахов занимал должность приват-доцента на кафедре армяно-грузинской филологии Санкт-Петербургского университета, в 1905 г. издал монографию «Государственный строй древней Грузии и древней Армении», на основе которой 13 мая 1907 г. защитил диссертацию и получил звание магистра. И.А. Джавахишвили считается основоположником грузинской эмпирической социологии: в 1907 г. научный кружок грузинских студентов Санкт-Петербургского университета под его руководством впервые провёл ряд социологических опросов в Грузии, был разработан научный социологический сборник (издан в Тифлисе в 1915 г.). В 1907 г. И.А. Джавахишвили стал членом Общества истории и этнографии Грузии (в 1921–1930 гг. – председатель), участвовал в политической жизни, был сторонником революционного движения, за что в марте 1897 г. сидел в тюрьме «Кресты», в 1906 г. был отдан под суд, ему был запрещён выезд из Санкт-Петербурга, и он находился под тайным надзором полиции. С именем И.А. Джавахишвили связан новый этап грузинской историографии: он первым использовал системный подход к истории Грузии, выстраивая изложение с учётом данных о сопредельных с Грузией странах, исследований по филологии, лингвистике, праву, экономике. Большое внимание уделял церковной истории: в 1907 г. в Политической энциклопедии Людвига Зиновьевича Слонимского поместил очерк об автокефалии Грузинской церкви, в 1908 г. выпустил труд по истории армяно-грузинского церковного разрыва. В фундаментальном труде «История грузинского народа» отдельные главы посвящены христианизации Грузии, церковной политике царя Вахтанга Горгасали и провозглашению автокефалии, церковно-догматическому разрыву между Грузией и Арменией, церковной политике царя Давида IV строителя, роли церкви в борьбе за единство Грузинского государства и др. После Февральской революции И.А. Джавахишвили вернулся в Тифлис, где возглавил группу грузинских учёных (Еквтиме Семёнович Такаишвили, Акакий Гаврилович Шанидзе, Корнелий Самсонович Кекелидзе, Дмитрий Николаевич Узнадзе и др.) по созданию первого на Кавказе университета. Под его руководством было основано Общество свободного Грузинского университета, 22 июня 1917 г. И.А. Джавахишвили представил проект устава университета. Грузинский университет был открыт 26 января (8 февраля) 1918 г., в день памяти царя Давида IV Строителя. Торжественный молебен отслужил Католикос-Патриарх Грузии Кирион III (Садзаглишвили), первую университетскую лекцию 30 января (12 февраля) читал И.А. Джавахишвили. Он занял пост декана философского факультета (1918–1919 гг.), в 1919–1925 гг. был ректором ТГУ. Ему было присвоено звание профессора (1919 г.).