Сохранилось несколько сцен с эпизодами из Ветхого и Нового Заветов: в люнете, оформлённой аркой на двух колонных устоях, соответствующей Святая Святых святилищ восточного типа (в том числе и синагоги Дура-Европос), – «Добрый пастырь», пасущий стадо, ниже – небольшие фигурки Адама и Евы по сторонам от райского древа (сцена символически раскрывает образ Христа как Доброго пастыря из притчи и как Искупителя первородного греха и Второго Адама); на стенах «церкви» – «Хождение Христа по водам» и «Спасение тонущего Петра», «Исцеление расслабленного» (на северной стене вверху), сцена с двумя женщинами (очевидно, третья фигура не сохранилась) у мраморного саркофага римского типа, с высокой крышкой со скатами (идентифицируется как сюжет с жёнами-мироносицами у Гроба), «Христос и самарянка у колодца» (сохранилась только фигура самарянки, набирающей воду из колодца), «Исцеление в субботу», «Битва Давида с Голиафом». По сравнению с росписями синагоги и языческих храмов композиции в «Домовой церкви» отличаются упрощённостью рисунка и огрублённой манерой письма, но их стилистические особенности не выпадают из общего контекста греко-восточного искусства этого периода – арочный свод перед люнетой и плоские перекрытия были окрашены синим цветом и декорированы звёздами; лоб арки украшен плодами и цветами, помещёнными на отдельных полях; поверхности чётко разделены рамками, что соответствует принципам декорации римских домов. В выборе сюжетов исследователи отмечают наличие полемики (например, с иудеями в композиции «Исцеление в субботу») и адаптацию ранними христианами сюжетов из Ветхого Завета, как в композиции «Битва Давида с Голиафом». В так называемом храме Пальмирских богов сохранились большие композиции ритуальных жертвоприношений («Жертвоприношение жреца Конона в присутствии членов своей семьи», I в.; «Жертвоприношение евнуха Отоса и булевта Ябсимса», «Жертвоприношение трибуна Теренция перед своим отрядом», конец II – начало III вв.) и около 15 небольших неидентифицируемых сцен, несколько аллегорических фигур, среди которых легко опознаются по надписям и традиционной для эллинистического искусства иконографии Фортуна Пальмиры и Фортуна Дура-Европос – в «башенных» венцах, с мужскими и женскими аллегориями рек у ног. В храме Митры (вторая половина III в.) дважды повторена редкая сцена охоты Митры на оленей и вепря в парфянской иконографии, известная по сходным конным изображениям сасанидских царей в Накши-Рустем, а также представлены эпизоды из его жизни, фигуры «пророков» в парфянских костюмах, сцена Тавроктона (ритуального убийства быка Митрой). Росписи свидетельствуют о близости монументальной живописи Дура-Европос этого времени к традициям позднего эллинистического искусства, характеризующегося обилием греко-римских мотивов (архитектурные фоны, близкие к помпейским росписям II стиля; отдельные орнаменты), сочетающихся с приёмами восточной выразительности – плоскими, ровно окрашенными фигурами, статичными фронтальными иератичными позами, лицами, представленными в фас. Кроме того, среди руин других храмов и некоторых частных домов были обнаружены остатки живописи.