Дионисий представил исправленные тексты местоблюстителю патриаршего престола Ионе (Архангельскому), митрополиту Сарскому и Подонскому, чтобы проделанная работа получила оценку церковного Собора. Протокол заседаний Собора, начавшего работу 4 июля 1618 г., не сохранился, сведения о Соборе содержатся в ряде появившихся позднее полемических сочинений. На Соборе против Дионисия и его помощников выступила группа троицких монахов во главе с такими влиятельными старцами, как уставщик Филарет, головщик Лонгин Корова, ризничий Маркелл. Они обвинили Дионисия в том, что он «во многих книгах выскребал, и вырезал, и писал во том месте по своему произволу». Их поддержал архимандрит Чудова в честь Чуда архангельского Михаила в Хонех монастыря Авраамий. После долгих и упорных споров Дионисию и его сотрудникам был вынесен обвинительный приговор. Собор осудил их за то, что они «имя Святые Троицы в книгах велели морати и Духа Святого не исповедуют, яко огнь есть». Первое из этих обвинений было связано с исправлением конечных славословий в молитвах. Второе обвинение имело в виду изъятие справщиками слов «и огнём» в молитве на великом освящении воды. К началу XVII в. сложился обычай при освящении воды погружать в неё зажжённые свечи. Обоснование такой практики видели в словах св. Иоанна Предтечи о Христе: «Той вы крестит Духом Святым и огнём» (Лк. 3:16), которые неверно толковались как отождествление Святого Духа с огнём. Дионисию и Иоанну Наседке было запрещено служить, старцы Арсений Глухой и Антоний (Крылов) были лишены причастия. Настоятель и старцы должны были отправиться в ссылку в разные монастыри. В течение четырёх дней после принятия решения Дионисия приводили «в ответ на патриарш двор с великим бесчестием и позором», затем в кельи царицы-инокини Марфы в московском в честь Вознесения Господня монастыре и на подворье митрополита Ионы, где святого подвергали побоям. Было принято решение отправить его в ссылку в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь, но, поскольку Москва в тот момент была окружена войсками польского королевича Владислава, Дионисий был заключён в Новоспасский московский в честь Преображения Господня монастырь, где на него была наложена епитимия – тысяча поклонов в день. У преподобного оставались сторонники среди троицкой братии, от них Дионисий получил «утешительное послание», обнаруженное в бумагах преподобного после его смерти. Положение Дионисия улучшилось после приезда в апреле 1619 г. в Москву Иерусалимского патриарха Феофана III (1608–1644 гг.). Сторонники Дионисия уведомили патриарха о происшедшем, и, по-видимому, благодаря его вмешательству Дионисий был освобождён. В июне 1619 г. вместе с митрополитом Ионой он встречал в селе Хорошёве под Москвой возвращавшегося из польского плена Филарета.