Росписи отличает тончайшее гармоническое начало, просветлённость колорита и образов, смягчённая ритмика. Ферапонтовские фрески дают наиболее полное и многогранное представление о стиле Дионисия, развивающем традиции мастеров круга Андрея Рублёва в сторону большей эстетизации и идеализации форм: фигуры за счёт обобщённости трактовки как бы теряют свою телесную природу, пребывая в безмерном и бесплотном мире, пронизанном божественным сиянием. В творчестве Дионисия органично переплелись достижения московской иконописи и поствизантийского художественного мира. Вопросы о сроках создания иконостаса для Рождественского собора в Ферапонтове в соотношении со сроками работы над росписью, а также о первоначальном составе икон в настоящее время далеки от разрешения. Наиболее вероятно, что иконостас состоял только из деисусного и местного рядов. В первом случае работе Дионисия и его мастерской, исследователи, безусловно, приписывают двенадцать центральных икон (тринадцатая, «Спас в силах», не сохранилась). Из примыкающих к центральному ядру двух икон столпников, по крайней мере, икону «Преподобный Симеон Столпник» (Русский музей) исследователи включают в ту же группу, проблематичнее атрибуция парной ей иконы «Преподобный Даниил Столпник» (Кирилло-Белозерский музей), но и этот образ при условии существенной его чинки во время ремонта и дополнений иконостаса в 1530 или 1553 г. они связывают с тем же кругом авторов. Из первоначальных икон местного ряда сохранились икона Божьей Матери «Одигитрия» (типа Седмиезерской) и «Воскресение – Сошествие во ад» (Русский музей), остальные иконы, в частности, пророческий ряд, написаны, видимо, вскоре после 1502 г. Неясным для исследователей остаётся вопрос о времени возникновения в иконостасе утраченного праздничного ряда из 33 икон (они считают наиболее правдоподобно его появление в XVII – первой половины XVIII в.). Оптимальной представляется версия о создании под руководством Дионисия только деисусного (в полном соответствии с иконографически-содержательным замыслом) чина и серии местных икон. Дионисий вернулся из Белозерья не позднее начала 1503 г. (что подтверждается сообщением о прибытии из Москвы в Вологду иконы «Преподобный Димитрий Прилуцкий»), упоминания следующих лет касаются детей Дионисия и его учеников. На воззрения Дионисия и художников его круга не могли не повлиять взгляды Иосифа Волоцкого на иконописание, являющееся, по мнению последнего, неотъемлемой частью «внешнего делания», орудием в общественной и духовной борьбе. Идеальный облик художника обрисован им в духовной грамоте, в её десятом слове – «Отвещание любозазорным и сказание вкратце о святых отец, бывших в монастырях, иже в Рустей земли сущих». Идеализация художественного наследия с ориентацией на традиции Андрея Рублёва в равной мере характерна для «собирателя» рублёвских икон Иосифа и для Дионисия, ученика и возможного преемника великого мастера старца Митрофана.