Р. Деврес, опубликовавший ряд других фрагментов, пришёл к выводу, что из фрагментов, собранных Деконинком, некоторые принадлежат Феодориту Кирскому, другие – Евсевию Эмесскому, часть – подлинные. В «Лексиконе Суды» упоминается трактат Диодора «О различии между созерцанием и аллегорией». Несмотря на то что он полностью утрачен, его название указывает на герменевтические принципы Диодора. По характеристике священника Николая Фетисова, созерцание в понимании Диодора – это исследование содержащегося в Священном Писании типологически-мессианского смысла «путём тщательного предварительного рассмотрения историко-грамматического простого, или буквального, смысла»; аллегория же – исследование типологического смысла «на произвольных основаниях». Сократ Схоластик и Созомен свидетельствуют, что Диодор толковал Священное Писание буквально, выясняя простой смысл и избегая умозрения и иносказания. Диодор писал: «Исторический смысл мы предпочитаем аллегорическому. Более высокий смысл предполагает первый, «добавляется» к нему, не разрушая». Этот превосходящий смысловой уровень Диодор называет «созерцанием» и противопоставляет его «аллегории» александрийцев: «Исторический смысл не противоположен превосходящему созерцанию, напротив, он служит основанием и опорой более высоким мыслям. Следует только остерегаться видеть в созерцании ниспровержение подлежащего, что будет уже не созерцанием, но аллегорией. Ибо то, что говорится вопреки тексту, является не созерцанием, но аллегорией». К догматико-полемическим сочинениям Диодора исследователи относят сохранившиеся фрагменты трактата «Против синусиастов» (т.е. аполлинариан), написанного, вероятно, в 373–376 гг., во время пребывания Диодора в Армении. В их число входят сирийский, греческий, латинский и армянский фрагменты. 33 фрагмента из сирийского флорилегия первоначально были изданы П.А. де Лагардом; отдельное издание осуществил М. Бриер, снабдив его французским переводом и примечаниями (собрание всех фрагментов было подготовлено Р. Абрамовски). Бар-Хадбшабба Арбайя упоминает три книги Диодора против Аполлинария. Сохранились фрагменты сочинения Аполлинария «К Диодору». В 1910 г. Дмитрий Спиридонович Спиридонов (1871–1938 гг.) опубликовал по рукописи афонского Ватопедского монастыря фрагменты первой книги Диодора против Аполлинария, посвящённые вопросу о предсуществовании душ, однако авторство Диодора было поставлено под сомнение. Основным поводом к раскрытию христологических воззрений Диодора стала полемика с Аполлинарием. Согласно Аполлинарию, Божество во Христе, заменив человеческий ум, практически лишает Его человечество, составленное из плоти и души, самостоятельной сущности, делает его частью божественной сущности, т.е. «сосуществлённой» Божеству. Для антиохийских богословов, в среде которых проповедовал Аполлинарий, такое представление было неприемлемым: если во Христе одна сущность (а также природа и энергия), то что означает рождение, страдания, смерть Бога с Его вечной, неизменяемой сущностью? В чём состоит смысл искупления человечества? В полемике с Аполлинарием Диодор настаивал на двух самостоятельных сущностях и природах во Христе, чётко отделяя их друг от друга. Фрагментарность догматических сочинений Диодора не даёт исследователям возможности составить целостную картину его христологических идей, тем не менее, общая мысль фрагментов состоит в том, что «Совершенный прежде веков Сын воспринял совершенного от Давида: Сын Божий – Сын Давида».