Великого князя доставили в Москву, 16 февраля он был ослеплён, затем отправлен в Углич (прежнюю столицу Дмитрия Георгиевича Шемяки) и заключён там в тюрьму. Как полагают исследователи, 20 февраля 1446 г. Дмитрий Георгиевич Шемяка официально взошёл на великокняжеский стол. В благодарность он подарил троицким старцам село Богородицкое в Дмитровском уезде. Если самого Василия II Дмитрию Георгиевичу Шемяке удалось захватить, то малолетним сыновьям великого князя – Иоанну III Васильевичу (впоследствии великий князь) и Георгию – с помощью сторонников Василия II удалось бежать из Троицкого монастыря. Вскоре они оказались в Муроме под защитой военного отряда во главе с князьями Ряполовскими. Дмитрий Георгиевич Шемяка отправил на переговоры с ними Рязанского епископа Иону. От имени нового великого князя архиерей обещал, что Василий II будет освобождён из тюрьмы и получит удел. В связи с этим Иона просил передать ему детей, которые будут находиться под его защитой. Княжичей передали епископу, но Дмитрий Георгиевич Шемяка нарушил обещание и отправил их к отцу в тюрьму в Угличе. Несмотря на захват всей великокняжеской семьи, Дмитрий Георгиевич Шемяка столкнулся со значительными трудностями. Его действия встретили серьёзное сопротивление со стороны приверженцев Василия II. Из Москвы начался отъезд бояр, детей боярских и даже некоторых князей в Литву (во главе с великокняжеским шурином князем Василием Ярославичем), поступавших на службу к Литовскому великому князю Казимиру IV Ягеллончику. Против Дмитрия Георгиевича Шемяки выступило духовенство. Очень энергично действовал епископ Иона, поставленный Дмитрием Георгиевичем Шемякой в особенно неудобное положение. Великий князь был вынужден созвать Собор епископов и бояр, а также наиболее авторитетных настоятелей монастырей, чтобы решить, как поступить с Василием II. В сентябре 1446 г. участники Собора вместе с Дмитрием Георгиевичем Шемякой направились в Углич. 15 сентября, после отречения от прав на великое княжение, Василий II и его дети были освобождены, Дмитрий Георгиевич Шемяка пожаловал Василию II в удел Вологду. Отсюда вскоре Василий II бежал в Тверь, где заключил союз с Тверским великим князем Борисом. Здесь же стали собираться сторонники Василия II, которые намеревались в союзе с московскими эмигрантами из Литвы вернуть своего сюзерена на великокняжеский стол. В ответ Дмитрий Георгиевич Шемяка и его союзник князь Иван Андреевич выдвинулись с войсками в Волок Ламский и перекрыли основные дороги на столицу, чтобы воспрепятствовать походу на Москву. За время полуторамесячного стояния (в ноябре – декабре 1446 г.) войска Дмитрия Георгиевича Шемяки поредели, начались побеги и отъезды детей боярских в Тверь; на Рождество, после прорыва отряда сторонников Василия II в Москву, в столице вспыхнуло восстание, наместник Дмитрия Георгиевича Шемяки был арестован, сам князь бежал в Галич. Московско-тверское войско осадило Углич, который после сильного артиллерийского обстрела капитулировал.