Именование «деист» стало настолько популярным в Америке, что к таковым причисляли даже очевидных безбожников. Некоторые исследователи деизма придерживаются мнения, что его кризис, наступивший в XVIII в., был вызван критикой Дэвидом Юмом (1711–1776 гг.) самой идеи естественной религии как первоначального этического монотеизма, сочинением «Воспитание человеческого рода» Г.Э. Лессинга, в котором начальная человеческая религия мыслилась им в виде низшей ступени религиозности (язычество), а также кантовской критикой естественной теологии как таковой. От этой «критики слева» исследователи отличают критику с позиций «положительной религии». Уже лютеранский теолог Иоганн Музеус (1613–1681 гг.), положительно оценивая апелляцию Э. Чербери к естественному разуму в религии, отмечал, что он недооценивает испорченность самого разума грехопадением, не допускающую рассмотрение его как «зеркала», в котором божественные истины могут отражаться без искажения и которое устраняет необходимость Откровения. В XVIII в. С. Батлер указывал на то, что далеко не всё в Писании может быть прозрачным и понятным для человеческого разума (и соответственно отвергнуто им на достаточных основаниях) и что библейские тексты следует интерпретировать как единое целое, а не разрозненно, как это делалось в деистической библейской критике. Готфрид Вильгельм Лейбниц (1646–1716 гг.) без труда выявил теологические ошибки и еретические, унитаристские тенденции в толандовском «Христианстве без тайн». Джордж Беркли (1685–1753 гг.) подчёркивал, что сами философы (деисты) подняли ту пыль, которая помешала им разглядеть истину христианства. Епископ Дж. Уэсли обращал внимание на то, что рассудок является отнюдь не единственным органом богопознания, а потому религиозным чувствам, открывающим истину «положительной религии», стоит доверять никак не меньше, чем ему. О недостаточности естественной религии для богопознания и спасения писал и основатель философии религии Сигизмунд фон Шторхенау (1731–1797 гг.). Вместе с тем многие авторы видели положительное значение деистических концепций в том, что без проблематизации понятия религии и различения естественной религии и «положительных» религий вряд ли была бы мотивирована сама начальная философия религии, хотя бы в виде ответа деизму. Несмотря на разностороннюю критику, идеи деизма продолжали разрабатываться и после эпохи просвещенческого рационализма. Вся либеральная библейская критика XIX–XX вв. фактически воспроизводит «редактирование» деистами Писания с позиций того, что нечто в библейских текстах принимается или не принимается как истинное с точки зрения субъективно понимаемого «естественного разума». Либеральная теология Адольфа фон Гарнака (1851–1930 гг.) и Эрнста Трёльча (1865–1923 гг.) с установкой на «недогматическое христианство» и критику претензий христианства на «абсолютность» также является законной наследницей деизма. Значительно позднее те же самые установки в весьма влиятельном направлении христианского «плюрализма» (Дж. Хик, П. Ниттер, Х. Кауард и др.) определяют магистральную линию «самоотрицания» христианства ради идей «равенства религий», «толерантности» и «диалога религий», который предполагает, что христианство, дабы соответствовать стандартам «естественного разума» и политкорректности, должно отказаться от своего исторического наследия, прежде всего, от учения о божественной уникальности Иисуса Христа, которое явно мешает «диалогу религий» (при этом от других религий никакие уступки в интересах этого «диалога» не требуются). Деистическое мировоззрение пронизывает и творчество Ханса Кюнга (почитателя Лессинга), утверждающего, что христианству во имя толерантности (опять-таки односторонней) следует отказаться от своей вероучительной идентичности – прежде всего, в христологии.