Возможно, Брунгильда вспомнила о жертвах свергнутого палатина и решила вернуть немного популярности у своих магнатов. Но источники утверждают, что реабилитации Дезидерия способствовала, скорее, молва о совершённых им чудесах. Оба эти объяснения не обязательно исключают друг друга. Действительно, во время изгнания предполагаемого обольстителя дама Юста умерла от тяжёлой болезни. Брунгильда могла с чистой совестью счесть, что это кара Господня постигла женщину, виновную в лжесвидетельстве. Что и позволило оправдать освобождение Дезидерия и возвращение ему сана как раз в тот момент, когда, вероятно, это было выгодным в политическом плане. Дезидерий уже с большой помпой был возвращён в свой город, когда в 607 г. (или, по другой версии, в 611 г.) он вновь поссорился с дворцом. Вьеннский клирик (автор первого «Жития») утверждает, что Дезидерий упрекнул короля в посещении наложниц, но это может быть литературным вымыслом. Скорее, похоже, дело было в том, что во Вьенне началось народное восстание. Брунгильда послала трёх графов, чтобы восстановить порядок и арестовать прелата, которого сочли виновным в волнениях. Дезидерий был схвачен в своём соборе, и его выслали далеко из Вьенна под сильной охраной. Когда он пересекал Дижонский диоценз, один солдат при неясных обстоятельствах бросил ему в голову камень. Епископ скончался на месте, и его похоронили в деревне Присциниак (ныне Сен-Дидье-де-Шалоронн) на берегах Соны. Вьенский клирик изображает эту смерть как несчастный случай, тогда как другие авторы считают побивание камнями по всей форме организованное Брунгильдой. Даже если вообразить, что этот несчастный случай был организован специально, трудно представить, чтобы Брунгильда, сохранившая жизнь могущественному и более опасному Эгидию Реймскому (около 560 – 590 гг.), пожелала бы устранить Дезидерия, который, в худшем случае, был неудобным для неё человеком. Нелепая смерть епископа Вьеннского надолго запятнала репутацию королевы. Год гибели Дезидерия точно не известен. По свидетельству Сисебута и автора «Хроники Фредегара», святой был убит в 606/607 г. Однако в остальных редакциях «Жития Дезидерия» подразумевается, что он был восстановлен на кафедре в 606/607 г., а погиб не раньше 611/612 г. Через несколько лет (11 февраля 620 г.) с разрешения Хлотаря II (584–629 гг.) мощи Дезидерия были перенесены во Вьену и упокоены в церкви святого Петра. В 871 г. св. Адон, архиепископ Вьенский, передал часть мощей Дезидерия вместе с копией написанного им «Жития Дезидерия» аббатству Санкт-Галлен. Память Дезидерии значится в добавлениях к Месяцеслову блаженного Иеронима, в том числе в двух самых ранних рукописях конца VIII в. – Эхтернахской (под 23 мая) и Бернской (под 25 мая).