По справедливому замечанию Александра Хаимовича Горфункеля (род. в 1928 г.), во взглядах П. Помпонацци, несмотря на частые заверения в уважении к истине веры, «никаких двух истин не существует. Провозглашённая им истина есть однозначная истина рационального знания, доказательная истина философии». Исходя из этой безусловной философской истины, Помпонацци отстаивал учение о смертности души, предлагая собственные, а не только заимствованные у Аристотеля аргументы, говорил об универсальности естественных законов, которые распространяются и на то, что обычно считается сверхъестественным (чудеса, знамения, религиозные откровения). В положениях религии П. Помпонацци отказывался видеть истину, но усматривал лишь «полезный обман»: «Бессмертие души придумано ради пользы людей», «ангелы и демоны введены ради толпы, хотя те, кто их придумал, знали, что их не может быть». По его мнению, если целью философии является истина как таковая, то цель религиозного закона не истина и не ложь, но привитие людям доброго и нравственного поведения. Философия тем самым становится единственным основанием и гарантом истины, тогда как на долю религии остаётся лишь обеспечение общественной справедливости и личной нравственности, ради которых, считает Помпонацци, можно признать и неистинные по своей сути религиозные доктрины. Католическая церковь на V Латеранском соборе (1513 г.) окончательно отвергла возможность отстаивания каких-либо противоречащих вере положений как «истинных только в философии». Утверждённая на Соборе булла папы Льва X (1513–1521 гг.) «Apostolici regiminis» запретила апеллировать к учению о двойственной истине, подтвердив единство истины, содержимой церковью: «Поскольку истина вовсе не противоречит истине, всякое утверждение, противное просвещающей истине веры, мы определяем как вполне ложное». В этом же документе имеется предостережение против чрезмерного увлечения философскими занятиями, которые способны не только приводить к истине, но и уводить от неё: «Продолжительные занятия человеческой философией… без света откровенной истины часто, скорее, вводят в заблуждение, чем приводят к прояснению истины». Однако голос католической церкви уже потерял былой авторитет – тремя годами позже П. Помпонацци издаёт книгу «О бессмертии души», где внешне продолжает придерживаться осуждённой теории двойственной истины, утверждая, что он рассматривает данный вопрос «в природных границах, оставив в стороне откровения и чудеса», и выставляя на вид формальную покорность церкви, тогда как внутренне пытается представить церковное учение не выдерживающим никакой проверки разумом. Внутреннее противоречие между секулярной философией и теологией, которое исторически привело к разработке теории двойственной истины, было осознано уже в средневековом теологическом мышлении и заключалось, по точному определению Иоанна Дунса Скота, в том, что «философы держатся совершенства природы и отвергают сверхъестественное совершенство, тогда как теологи знают о недостатке природы, необходимости благодати и сверхъестественном совершенстве». Если природное состояние человека признаётся совершенным, то неизбежным следствием этого является постулирование того, что человек может овладеть полнотой истины о мире и о себе с помощью только собственного разума, – и тогда все теологические построения оказываются более или менее вероятными «выдумками», лишёнными всякого значения, кроме этически-регулятивного. Таким образом, истины теологии постепенно вытесняются в область этики и превращаются в нравственные нормы.