На митрополичьем престоле Даниил явился типичным иерархом-иосифлянином, не только не противодействуя своими «печалованиями» злоупотреблениям власти, но и не стесняясь ради желаний Василия III поступиться своей совестью и церковными правилами. В 1523 г. великий князь, возымев подозрения на северского князя Василия Ивановича Шемячича (Шемяку), вызвал его в Москву, причём Шемячичу, опасавшемуся приехать, были посланы «опасные грамоты» великого князя и митрополита, в которых митрополит брал его «на образ Пречистыя, да на чудотворцев, да на свою душу». Тем не менее, Шемячич через несколько дней после приезда был схвачен и посажен в заточение, а Даниил и не подумал за него вступиться. Когда несколько позже Василий III Иванович замыслил развестись со своей супругой Соломонией, многие (и особенно духовенство, принадлежавшее к заволжским старцам, с Вассианом Косым и Максимом Греком во главе) восстали против развода, не согласного с учением церкви. Даниил вначале повёл себя осторожно, посоветовав обратиться за разрешением развода к восточным патриархам и на афонские монастыри, но когда получил отказ и от патриархов, и с Афона, а великий князь стоял на своём, митрополит решился исполнить его волю. Соломония была насильно пострижена в монахини и отправлена в монастырь, и затем Даниил сам обвенчал великого князя при живой жене с Еленой Глинской (около 1508 – 1538 гг.). Подобные действия в глазах многих современников роняли авторитет митрополита: его называли «потаковником», не хотели видеть в нём пастыря. «Не ведаю де и митрополит, не ведаю простой чернец», говорил про него боярин Берсень: «учительного слова от него нет никоторого, а не печалуется ни о ком, а прежние святители сидели на своих местах в манатьях и печаловалися государю о всех людех». Это нисколько не уменьшило влияния Даниила в государственных и церковных делах. После того, как великий князь отнял свою поддержку от противников иосифлян, участь их была решена. Вначале Максим Грек был подвергнут суду по обвинению в ереси и Соборами 1524 и 1531 гг. осуждён на заточение в монастыре, а за ним был привлечён к суду и Вассиан, в 1531 г., по такому же обвинению. Признанный еретиком, он был сослан в Волоколамский монастырь, где, по словам Курбского, его «иноки умориша вскоре». При отправлении в ссылку и Максиму, и Вассиану было запрещено писать что бы то ни было. Иосифляне, добившиеся тесного союза со светской властью, торжествовали полную победу, и как бы в ознаменование её Даниил 1 мая 1531 г., ещё до второго Собора над Максимом Греком, торжественно канонизовал Пафнутия Боровского, учителя Иосифа Волоцкого. После смерти Василия III Даниил по-прежнему ревностно служил целям и задачам правительства, но прежним значением не пользовался и должен был спокойно смотреть, как новое правительство под влиянием бояр покушается на материальные права духовенства и на владения монастырей: в 1535 г. монастырям было запрещено покупать и брать в заклад вотчинные земли служилых людей без ведома и согласия правительства.