Исследователи считают, что система росписи 1408 г. может быть определена только фрагментарно. Мнение, что она повторяет роспись 1189 г. (вероятно, верное в отношении композиции «Страшный Суд»), остаётся предположением, т.к. фрагментов раннего живописного слоя сохранилось крайне мало. Несомненно, Даниил и Андрей Рублёв сохранили все оставшиеся от росписей XII–XIII вв. (главным образом, однофигурные) изображения, которые были включены в состав росписи 1408 г., подобно древним чтимым образам. Сложность выделения в этих росписях работы Даниила и Андрея Рублёва заключается в том, что нам не известно ни одного достоверного произведения Даниила (в отличие от Андрея Рублёва, чьё авторство по отношению к «Святой Троице» зафиксировано Стоглавом 1551 г. и «Сказанием о святых иконописцах» конца XVII – начала XVIII в.), и что мы недостаточно знаем об организации труда живописцев в XI–XV вв.: работали ли мастера над одной композицией, или каждый – над своим сюжетом, или они сочетали эти способы (подобно Мазолино да Паникале и Мазаччо в капелле Бранкаччи в церкви Санта-Мария дель Кармине во Флоренции, 1425–1428 гг.), или делили рабочую площадь большими частями. Учитывая современный уровень изучения этого вопроса и плохую сохранность ряда композиций, исследователи признают наиболее правомерной точку зрения тех авторов, которые говорят о цельности и единстве общего замысла всего цикла и художественной манеры. Ряд исследователей, исходя из сообщения о работе двух мастеров и некоторых различий в манере исполнения, пытались разделить роспись на две стилистические группы. Первым это сделал И.Э. Грабарь, считавший Даниила автором композиций жертвенника, прохода из западной части среднего нефа в юго-западную часть храма («Лик святителей и преподобных» и «Лик пророков и мучеников») и юго-западной части храма («Шествие праведных в рай», «Райские врата и благоразумный разбойник», «Лоно Авраамово», «Богоматерь в раю», единоличные изображения), а преподобного Андрея – автором росписи западной части среднего нефа. В.Н. Лазарев, в основном, придерживаясь атрибуции И.Э. Грабаря, «отнял» у Даниила две композиции прохода из юго-западной части храма в западную часть среднего нефа, а также все единоличные изображения в юго-западной части храма (образы преподобных Саввы Освященного, Антония Великого, отшельников Онуфрия и Макария). Опираясь на наблюдение Виктора Васильевича Филатова (1918–2009 гг.) о наличии в композиции «Богоматерь в раю» более подробной, чем в других местах, первоначальной графьи, он счёл этот сюжет выполненным помощником Даниила. Все вновь раскрытые композиции под сводами были отданы В.А. Плугиным Андрею Рублёву (лишь Энгелина Сергеевна Смирнова считала возможным связать их с Даниилом). В целом атрибуция И.Э. Грабаря, В.Н. Лазарева и В.А. Плугина в настоящее время является общепризнанной. Хотя росписи западной части среднего нефа (под хорами) рассматриваются всеми исследователями как одно из достоверных произведений Андрея Рублёва, предпринимались попытки разделить их выполнение между двумя мастерами.