Постепенно рядом с храмом стали селиться многие миряне, по благословению преподобного принимавшие постриг, была построена трапезная с церковью в честь Похвалы Пресвятой Богородицы. Братия избрала игумена (им стал некий Иов), в храме служили два священника, диакон. По замыслу Даниила насельники монастыря должны были погребать умерших в скудельницах и молиться о них, кормить голодных, лечить больных. У скудельниц в окрестностях Переславля насельники монастыря установили кресты, перед которыми часто служились панихиды (в обители в продолжение более ста лет после преставления Даниила сохранялся установленный «по преданию преподобнаго» обычай погребать странных и убогих в монастырской скудельнице). Сам Даниил, оставаясь иеромонахом Горицкого монастыря, каждый день ходил в храм на божедомье поучать братию. Преподобный своими руками строил кельи для братии, распахал для монастыря небольшой участок земли, «бе бо велми трудолюбив». Первоначально в Даниловом монастыре был принят особножительный устав. У обители не было земельных владений, и монахи «в нищете и скудости пребываху... и все питахуся рукоделием, кто что умеяше, и мнози христолюбивии мужие милостынею посещаху их». Многие из братии тяготились нелёгкой жизнью в обители. Принимая постриг, они полагали, что святой «много имения имея, монастырь поставил», и надеялись на безбедную жизнь, теперь же они собирались отказаться от монашества. Однажды Даниил из-за конфликта с братией даже хотел уйти в «своё пострижение» – в Пафнутиев монастырь, но остался, уступив настойчивым просьбам матери-инокини. Часто досаждали святому окрестные землевладельцы, которые «с оружием и дреколием... отгоняху самого Данила и братию от пашни, и не дадуще из монастыря изыти». Они обвиняли святого в том, что он поставил монастырь на их земле и хочет обладать всеми их землями и сёлами («сице и збыся последи», – добавляет агиограф, имея в виду получение и приобретение монастырём впоследствии земельных владений). Через некоторое время, после того как архимандрит Горицкого монастыря Исаия по старости удалился на покой в Пафнутиев монастырь, Даниил, уступив просьбам монахов и бояр Челядниных, стал архимандритом Горицкого монастыря. Он строго следил за соблюдением монастырского устава, управляя братией «не нужею, но безлобием и любовию духовною»; запретил выходить без благословения из монастыря на рынки и в дома мирян, а также для сбора подаяния, пускать в кельи монахов их родственников-мирян и устраивать там «пирования»; в монастыре были уничтожены бани. Через десять месяцев Даниил оставил настоятельство, желая подвизаться в безмолвии, но продолжал жить в Горицком монастыре, регулярно навещая обитель на божедомье. Когда великий князь Василий III посетил на богомолье Переславль (по всей видимости, осенью 1510 г.), то остался очень доволен порядками в Даниловом монастыре и лично Даниилом. Великий князь пожаловал безземельной обители хлебную ругу. Благодаря этой поддержке Даниил по благословению митрополита Варлаама построил в обители новые, более просторные храмы взамен старых (прежний Всехсвятский храм был перенесён в Горицкий монастырь), а также дополнительные кельи, поскольку к этому времени в обители жили около 70 насельников.