Ещё в отрочестве у него проявились аскетические наклонности. Услышав однажды чтение Жития преподобного Симеона Столпника и решив подражать святому, мальчик тайно обмотал тело верёвкой, которую отрезал от лодки тверских купцов, стоявшей у берега р. Трубеж. Верёвка впивалась в тело, однако с Димитрия её сняли только тогда, когда раны загноились, мальчик заболел, и причина его страданий открылась родителям. Ради умерщвления плоти отрок также отказывался мыться в бане. После окончания учения грамоте Димитрий некоторое время «в наказание благых обычаев» жил в переславль-залесском во имя великомученика Никиты монастыре у своего родственника, также переселившегося из Мценска, игумена Ионы, о благочестивой жизни которого знал великий князь Иоанн III Васильевич (1440–1505 гг.), пользовавшийся наставлениями старца. В Никитском монастыре, видимо, окончательно сформировалось желание юноши принять иночество. Вместе с родным братом Герасимом Димитрий ушёл из Переславля и, надеясь стать учеником преподобного Пафнутия Боровского, направился в Пафнутиев Боровский в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужской монастырь, но не застал основателя обители в живых (Пафнутий скончался 1 мая 1477 г.). Димитрий принял постриг в Боровском монастыре с именем Даниил и был в послушании у преподобного Левкия Волоколамского. Десять лет Даниил прожил в Боровском монастыре, затем вместе с Левкием удалился в основанную им Успенскую пустынь на р. Рузе, где прожил ещё два года (об этом сообщает «Сказание вкратце...», в первоначальном Житии говорится, что Даниил остался в Боровском монастыре и прожил там ещё два года после удаления Левкия в Успенскую пустынь). Братия любила Даниила и удивлялась, что в столь юном возрасте он превзошёл многих сверстников в стремлении к добродетели. Впоследствии его воспринимали как ученика преподобного Пафнутия, о чём свидетельствуют вторая редакция Жития преподобного Герасима Болдинского, грамота Рязанского и Муромского епископа Леонида царю Феодору Иоанновичу 1584–1585 гг. Около 1489 г. Даниил «Божиею волею» оставил монастырь. Как и Иосиф Волоцкий (1439–1515 гг.), он «обхожаше многия монастыря, внимая благым обычаем и ползуяся добродетельных отец житием», затем вернулся в Переславль (по преданию, с собой из Боровской обители он принёс список Тихвинской иконы Божьей Матери, который впоследствии хранился в Троицком соборе Данилова монастыря). К тому времени отец святого умер, а мать приняла монашеский постриг. В Переславле Даниил сначала нёс послушание пономаря в Никитском монастыре, потом перешёл в переславль-залесский Горицкий в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь, игумен которого Антоний был его родственником. Это произошло незадолго до 1495 г. (святой подвизался в Горицкой обители 30 лет, в 1525 г. он был уже игуменом Данилова монастыря). Его брат Герасим служил диаконом в Горицком монастыре и вскоре скончался, другой брат, Флор, принял здесь постриг с именем Феодор. В Горицком монастыре Даниил первоначально занимался печением просфор, однако по благословению настоятеля вскоре принял священство.