Сохранились частицы мощей Даниила Александровича. Одна частица, принадлежавшая некогда архиепископу Феодору (Поздеевскому) 29 мая 1986 г. была передана в Данилов монастырь из США. Другую частицу вернул обители 17 марта 1995 г. живший в США протоиерей Иоанн Феофилович Мейендорф (1926–1992 гг.), получивший её от академика Дмитрия Сергеевича Лихачёва (1906–1999 гг.), которому ковчежец со святыней передал на хранение профессор Игорь Евгеньевич Аничков (1897–1978 гг.) с наказом вернуть церкви в благоприятное время. И.Е. Аничков получил частицу мощей Даниила Александровича в 1929 г. от неизвестного по имени архиерея в одном из северных городов России, где оба отбывали ссылку. В настоящее время металлическая позолоченная рака с частицей мощей Даниила Александровича находится в храме святых Отцов семи Вселенских Соборов (под северной аркой, ведущей в придел во имя Даниила Александровича), над ракой установлена резная деревянная сень. Ковчег с частицей мощей находится также в Троицком соборе монастыря. Кроме того, в обители имеется несколько икон с частицами мощей Даниила Александровича. Его имя как святого не упоминается в Уставе московского Успенского собора (около 1634 г.). В 1677 г. на церковном Соборе, обсуждавшем вопрос о канонизации княгини Анны Кашинской (около 1280 – 1368 гг.), было постановлено, что она заслуживает (как и Даниил Александрович) того, чтобы «панихиды, и литургии служити, и милостыню творити». Здесь же было отмечено, что хотя с мощами Даниила Александровича связаны «известная явления и чудеса», но служба в его честь не совершается («Кондаков и тропарей не бысть и отныне и не есть»). Однако уже в Месяцеслове келаря Троице-Сергиева монастыря Симона (Азарьина; середина 1650 гг.) под 4 марта отмечается преставление «святаго благовернаго князя Данила Александровича Московскаго, и погребен бысть в Даниловском монастыре, пострижен и в схиме, от негож создан бысть монастырь тот, и многа исцеления Бог дарова от гроба его всем приходящим с верою». В 1724 г., при перенесении мощей святого князя Александра Невского из Владимира в санкт-петербургский Свято-Троицкий монастырь 30 августа (в день обретения мощей Даниила Александровича) был установлен общий праздник святым Александру Невскому и Даниилу Александровичу. В 1805 г. во имя Даниила Александровича был освящён придел в монастырском соборе в честь святых Отцов семи Вселенских Соборов. На рубеже 1550 и 1560 гг. в высших светских и церковных кругах возник замысел создания «Книги степенной царского родословия» – произведения, в котором древнерусская история изображалась бы как серия биографий правивших Русской землёй государей, и где уделялось бы значительное внимание и жизни, и посмертной судьбе членов династии Рюриковичей. В тексте Степенной книги, работа над которой была завершена в 1563 г., в перечне «новых чудотворцев» (членов династии Рюриковичей) под 4 марта значилось «Житие преподобнаго великого князя Данила Донскаго, иже на Москве». В Житие («Иже о блаженном великом князе Даниле сказания») внесены рассказы о чудесах у надгробия Даниила Александровича с князем Шуйским и коломенским купцом. Степенная книга называет Даниила Александровича «святым», «праведнодержавным».