Он писал Марсенну об осуждении Галилея: «Это меня так поразило, что я решил сжечь все мои бумаги, по крайней мере, никому их не показывать; ибо я не в состоянии был вообразить себе, что он, итальянец, пользовавшийся расположением даже Папы, мог быть осуждён за то, без сомнения, что хотел доказать движение Земли… Признаюсь, если движение Земли есть ложь, то ложь и все основания моей философии, так как они явно ведут к этому же заключению». Однако вскоре одна за другой появляются другие книги Декарта: «Рассуждение о методе…» (1637 г.); «Размышления о первой философии…» (1641 г.); «Первоначала философии» (1644 г.). В «Первоначалах философии» сформулированы главные тезисы Декарта: «Бог сотворил мир и законы природы, а далее Вселенная действует как самостоятельный механизм»; «В мире нет ничего, кроме движущейся материи различных видов. Материя состоит из элементарных частиц, локальное взаимодействие которых и производит все природные явления»; «Математика – мощный и универсальный метод познания природы, образец для других наук». Декарт явился одним из основателей «новой философии» и новой науки, «архитектором» интеллектуальной революции XVII в., расшатавшей традиционные доктрины схоластики и заложившей философские основы мировоззрения, которое привело к прогрессирующему развитию научного познания. Не только конкретные положения его метафизики и научные открытия оказали влияние на развитие философии и науки: сам освобождающий дух декартовской философии с её опорой на собственный разум, требованием очевидности и достоверности, стремлением к истине и призывом брать за неё ответственность на себя (вместо того чтобы некритически полагаться на обычай, традицию, авторитет) был воспринят философами и учёными разных стран и поколений. Кардинал Ришельё (1585–1642 гг.) благожелательно отнёсся к трудам Рене Декарта и разрешил их издание во Франции, а вот протестантские богословы Голландии наложили на них проклятие (1642 г.); без поддержки принца Мориса Оранского (1567–1625 гг.) учёному пришлось бы нелегко. В 1635 г. у Декарта родилась незаконная дочь Франсина (от служанки), которая прожила всего пять лет (умерла от скарлатины). Смерть дочери он расценил как величайшее горе в своей жизни. В 1649 г. Декарт, измученный многолетней травлей за вольнодумство, поддался уговорам шведской королевы Кристины (с которой много лет активно переписывался) и переехал в Стокгольм. Почти сразу после переезда он серьёзно простудился и вскоре умер. Предположительной причиной смерти явилась пневмония, однако существует гипотеза о его отравлении, поскольку симптомы болезни Декарта были сходны с симптомами, возникающими при остром отравлении мышьяком (эту гипотезу выдвинул немецкий учёный Айки Пиз, а затем поддержал Теодор Эберт). По этой версии, поводом для отравления послужило опасение католических агентов, что вольнодумство Рене Декарта может помешать их усилиям по обращению королевы Кристины в католичество (это обращение действительно произошло в 1654 г.).