Противостояние со Струве для Дьяконова усугублялось тем, что Игорь Михайлович был учёным с весьма разнообразными интересами, писал работы по разным языкам и культурам, а Струве, занимаясь большую часть жизни (минимум с 1911 г., когда закончил университет) египтологией, с 1933 г. плотно сконцентрировался именно на шумерологии, составляя специальные картотеки. Однако Дьяконова очень интересовали шумерская история и шумерский язык, он занимался исследованиями в данных областях и неоднократно пытался обнаружить недоработки в теориях Струве или как-либо эти теории развить. В начале 1950 гг. Дьяконов выступил с рядом статей, в основном направленных на пересмотр хозяйственной системы Шумера, давно предложенной Струве. В своём ответе Струве утверждал, что Дьяконов базировал свои предположения на ошибочной трактовке некоторых шумерских слов (исследователи замечают, что в современной трактовке этих слов сохраняется традиция Струве). В конце 1950 гг. полемика стала носить более личный характер. При этом исследователи отмечают бросающиеся в глаза факты нарушения научного этикета со стороны Игоря Михайловича: с точки зрения академической табели о рангах он был лишь кандидатом исторических наук, вступившим в личную конфронтацию с академиком, с 1941 г. возглавлявшим Институт востоковедения АН СССР, а с 1959 г. – заведующим древневосточным отделом этого института. Струве упрекал Дьяконова, что он использует в своих статьях переводы востоковеда Владимира Казимировича Шилейко (1891–1930 гг.) без указания его авторства. Дьяконов, в свою очередь, публично атаковал ранние переводы Струве, которые Василий Васильевич делал с немецкого подстрочника и от которых давно отказался, что Струве назвал «нелояльным актом». Тем не менее, в 1959 г. Дьяконов пытался защитить докторскую диссертацию по своей книге «Общественный и государственный строй древнего Двуречья: Шумер» (её автореферат вышел ещё в 1957 г.), выбрав в качестве оппонента именно Струве, однако тот выступил с большим количеством поправок, которые Дьяконов не принимал и отказался слушать. Защитить докторскую диссертацию Дьяконову помогли добрые отношения с Бободжаном Гафуровичем Гафуровым (1908–1977 гг.), видным партийным деятелем, бывшим первым секретарём ЦК Таджикской ССР, а в то время – директором Института востоковедения, который лично попросил Струве снять возражения (Дьяконов под началом Гафурова занимался организацией XXV Международного конгресса востоковедов в Москве в 1960 г., а его брат М.М. Дьяконов некогда рецензировал книгу Гафурова «История Таджикистана»). В 1960 г. Дьяконову удалось успешно защититься и стать доктором исторических наук, хотя Струве вообще отказался выступать в качестве оппонента. В 1961 г. в серии «Литературные памятники» вышел перевод Дьяконова «Эпоса о Гильгамеше». Эта работа принесла ему как успех и широкую известность за пределами востоковедения, так и ропот недовольства среди учёных в связи с обстоятельствами, сопутствовавшими данному переводу. В ходе его подготовки Дьяконов работал с рукописями перевода «Ассиро-вавилонского эпоса», сделанного талантливым востоковедом В.К. Шилейко в 1920–1930 гг. Влияние Шилейко не отрицалось, однако возникла дискуссия о масштабах использования этих рукописей.