Его теория мифа основана на достижениях объективной психологии (в особенности – на открытиях психофизиологов школы Чарльза Скотта Шеррингтона; 1857–1952 гг.). Миф понимается здесь как связная интерпретация явлений мира, организующая восприятие их человеком при отсутствии абстрактных понятий. Своим происхождением миф обязан процессам, происходящим в коре головного мозга и центральной нервной системе (так называемая «шеррингтонова воронка»), когда наблюдается неадекватная реакция этих органов при переработке информации: часть впечатлений внешнего мира, не находящих отражения в социальном опыте, превращается сознанием человека в тропы – предметно-образные сопоставления явлений, ощущаемые как отождествления и ассоциации; остальная информация, согласованная с опытом, преобразуется в причинно-следственные связи. И.М. Дьяконов не оставил трудов в области религиоведения, однако его взгляды изложены в ряде поздних историософских работ. Источником религиозных представлений он считает побуждения (мотивации) человеческой деятельности, которые в условиях господства мифологического сознания воспринимаются как причинно-следственные связи, определяемые волей божества. Божества предопределяют для архаического человека характер каузальных связей и тем самым возможность или невозможность удовлетворения социальных побуждений. Божество, как объяснение каузальной связи через троп, входит в семантический ряд. Локальные пантеоны И.М. Дьяконов определяет как «причинные начала побуждений, которые различаются развитием мифов – семантических рядов в повествованиях о них». Дальнейшее развитие религии, по Дьяконову, связано с развитием общественных отношений в результате миграций и совершенствования в сфере производства оружия. Не веря в существование Бога как личности и выражая сомнение в существовании всезнающего Высшего Разума, И.М. Дьяконов говорил о секулярном характере будущего человеческого общества, основанного на этических принципах, изложенных выше. В марте 1988 г. он получил диплом почётного доктора Чикагского университета, где был назван ведущим исследователем древнего Ближнего Востока, который «в одиночку возродил ассириологическую науку в Советском Союзе». Действительно, И.М. Дьяконов воспитал многих учеников; некоторые из них продолжают работать в Отделе Древнего Востока Института восточных рукописей РАН. Там же расположена мемориальная библиотека И.М. Дьяконова, переданная в дар Институту. Научная работа Дьяконова, связанная с шумерским языком, проходила в противостоянии с академиком В.В. Струве, самым известным в то время востоковедом, который специализировался по шумерологии в СССР, с 1941 г. возглавлял Институт востоковедения АН СССР. Василию Васильевичу удавалось в тяжелое время сталинских репрессий сохранять хорошие отношения с режимом, считаться одним из главных официальных историков-марксистов. Возможно, сам этот факт стал основной причиной ненависти, с которой И.М. Дьяконов, сын расстрелянного в 1938 г. «врага народа», относился к академику В.В. Струве. В своей «Книге воспоминаний» он упоминает В.В. Струве десятки раз, причём каждый раз в негативном смысле, ставя ему в вину даже тембр голоса и форму тела.