Эта работа потребовала разбора не только хорошо знакомых Дьяконову древневосточных источников, но и греко-римских сочинений, древнеиранских памятников (и те, и другие в книге мастерски проштудированы). «История Мидии» была переведена на персидский язык и выдержала несколько переизданий в Иране. Перу И.М. Дьяконова принадлежит и раздел об истории Мидии в «Кембриджской истории Ирана». Весьма важное значение имеет его небольшая статья «Восточный Иран до Кира (к возможности новых постановок вопроса)», где автор предложил своё видение хронологической и географической локализации деятельности Заратуштры. На основе сжатого анализа всего комплекса лингвистических, письменных и археологических источников автор приходит к выводу, что Заратуштра жил не позднее VII в. до н.э. в Бактрии, приводит дополнительные аргументы в пользу проникновения иранских племён на Иранское Плато из Степного Пояса через Среднюю Азию. Историко-философские идеи Дьяконова наиболее последовательно изложены в таких работах, как «Киркенесская этика» (1944 г.), «Архаические мифы Востока и Запада» (1990 г.), «Пути истории: от древнейшего человека до наших дней» (1994 г.), «Книга воспоминаний» (1995 г.). Его историософия находится на стыке марксистской теории общественно-экономических формаций и французского позитивизма (Огюст Конт), восходящего к Френсису Бэкону, Рене Декарту и Бенедикту Спинозе. Он различает восемь фаз общественного устройства, а причиной перехода от одной фазы к другой считает наличие трёх факторов: совершенствования технологий производства оружия, появления альтернативных идейно-психологических тенденций и желания снять социально-психологический дискомфорт. Однако такой переход совершается не скачкообразно, а постепенно. Таким образом, для лучшего понимания каждой фазы истории следует в равной мере изучать и её материальную базу, и систему ценностей, возникающую в процессе развития общественных отношений различного уровня. Будущее человечества Дьяконов оценивает весьма пессимистично. Особое внимание он уделяет проблемам исчерпания природных энергетических ресурсов, перенаселения и нарушения биологического равновесия на Земле. Могучим средством для поддержания жизни на планете считает науку, особые надежды возлагаются при этом на управляемый ядерный синтез и на использование солнечного излучения. В социальном плане в целях наилучшего выживания все общества земного шара должны будут постепенно перейти в посткапиталистическую фазу развития, причём развитые цивилизации окажут им в этом посильную помощь. Возражая позитивистам, Дьяконов скептически относится к идее прогресса: «Если в одном месте прибыло, то в другом убыло», поэтому не бывает развития без потерь, и, следовательно, абсолютный прогресс невозможен. Этические взгляды Дьяконова возникли под влиянием эволюционного учения Чарльза Дарвина, они соприкасаются с этикой протестантизма и атеистических религиозно-философских учений, не признающих Бога как личность. На месте Бога здесь оказывается совесть, которую И.М. Дьяконов считает врождённой каждому человеку и обуславливающей биологическое выживание вида (вид, где большинство членов альтруисты, выживает, поскольку жизнь вида объективно важнее, чем жизнь одного индивида; напротив, вид, состоящий из эгоистов, быстро вымирает, потому что в нём никто не заботится об интересах целого). Категорический императив по Дьяконову: не умножайте мирового зла, если избегнуть его совсем человек по своей природе не может.