В 1938 г. отец Дьяконова был арестован с официальным приговором десять лет без права переписки. На самом деле Михаил Алексеевич был расстрелян через несколько месяцев после ареста, в том же 1938 г., но семья узнала об этом только через несколько лет, сохраняя долгие годы надежду, что Михаил Алексеевич ещё жив. В 1956 г. отец Дьяконова был реабилитирован за отсутствием состава преступления. Самого Игоря Михайловича неоднократно приглашали в НКВД на допросы по поводу сокурсников. Например, один из них, о котором Игорь Михайлович (как и другие вызванные в Большой Дом студенты) давал показания в 1938 г., был известный впоследствии историк Лев Николаевич Гумилёв (1912–1992 гг.), который провёл в лагерях 15 лет. Тесть Дьяконова Яков Миронович Магазинер (1882–1961 гг.) также был арестован в 1938 г., но остался жив. Несмотря на все трудности, на то, что Дьяконов стал «сыном врага народа», он смог закончить последний курс; изучал идиш, арабский, древнееврейский, аккадский, древнегреческий и другие языки. В 1941 г. как сотрудник Эрмитажа был мобилизован для эвакуации ценных коллекций, работал под руководством знаменитого искусствоведа и египтолога Милицы Эдвиновны Матье (1899–1966 гг.) и упаковывал одну из восточных коллекций. По настоянию руководителя партийной организации Эрмитажа, Дьяконов, несмотря на белый билет по зрению, записался в ополчение. Директор Эрмитажа Иосиф Абгарович Орбели (1887–1961 гг.), ценивший молодого способного сотрудника, вытащил его из ополчения. До этого И.А. Орбели резко выступил против распределения Игоря Михайловича в провинцию после окончания ЛГУ, сохранив его на работе в Эрмитаже. Благодаря знанию немецкого языка Дьяконов был зачислен в разведотдел, но не продержался там из-за плохой анкеты. Был переводчиком в отделе пропаганды Карельского фронта, где писал и печатал листовки, участвовал в допросах пленных. В 1944 г. участвовал в наступлении советских войск в Норвегии и был назначен заместителем коменданта города Киркенес. Жители города отзывались о его деятельности с благодарностью, а в 1990 гг. он стал почётным жителем города Киркенес (во время войны погиб его младший брат, Алексей Дьяконов). И.М. Дьяконов был демобилизован в 1946 г. и вернулся в свой университет. Его научный руководитель, А.П. Рифтин, умер в 1945 г., и Дьяконов стал ассистентом кафедры семитологии, которой заведовал Исаак Натанович Винников (1897–1973 гг.). Игорь Михайлович быстро защитил кандидатскую диссертацию на тему земельных отношений в Ассирии и начал преподавать. В 1950 г. одна из выпускниц кафедры написала донос, в котором указала, что на кафедре изучают Талмуд. Кафедру закрыли, уволив почти всех преподавателей, в том числе и Игоря Михайловича. Дьяконов вернулся к работе в Эрмитаже. После реорганизации Института востоковедения стал работать в его Ленинградском отделении. Диапазон его творчества распространялся на совершенно различные области древней истории. В соавторстве с братом, Михаилом Михайловичем Дьяконовым (1907–1954 гг.) и Владимиром Ароновичем Лившицем (род. в 1923 г.) расшифровал парфянские документы из Нисы. В 1952 г. Дьяконов в соавторстве с Ириной Михайловной Дунаевской и Яковом Мироновичем Магазингером опубликовал уникальное сравнительное исследование вавилонских, ассирийских и хеттских законов, в 1956 г. издал книгу по истории Мидии, в 1963 г. опубликовал все известные к тому времени урартские тексты на глиняных табличках. В 1973 г. были опубликованы сделанные Дьяконовым новые переводы библейских книг – «Песни песней» и «Книги Экклезиаста», в 1998 г. – перевод «Плача Иеремии».