Первый трактат, где излагалась соборная теория прекращения схизмы, был написан для герцога да Каррара. В 1404 г. Дзабарелла добавил к нему введение и описание пяти путей (modi) для объединения католической церкви. В ноябре 1408 г. он присоединил первую и третью части: первая часть представляла собой толкование на декрет третьего Латеранского собора (1179 г.) о папских выборах, в третьей части он развил теорию о соборном пути преодоления схизмы. Канонист обратился к идеям французского богослова Жана Жерсона (1363–1429 гг.) о церкви как о сообществе верующих, возглавляемом Римским папой и обладающем полнотой власти (plenitudo potestatis), которая в период схизмы или вакации папского престола делегируется Вселенскому собору. Для преодоления схизмы христианские народы не должны повиноваться конкурирующим папам. Участникам Вселенского собора надлежит осудить упорствующих в схизме пап, объявить их еретиками и лишить власти. После чего Собор имеет право избрать нового, единого, папу. «Трактат о схизматиках...» получил широкое распространение. В настоящее время известно более 30 его списков, не считая рукописей с комментариями Дзабареллы на «Декреталии» Григория IX, куда обычно вставлялась и первая часть трактата. Из-за отстаиваемого в сочинении тезиса о верховенстве Собора над Римским папой впоследствии оно было включено в «Индекс запрещённых книг». Доктрина, разработанная Дзабареллой, стала юридической основой Пизанского собора (1409 г.). Юридические сочинения Дзабареллы сохранились в многочисленных списках, во второй половине XV–XVI вв. неоднократно издавались. В основном, они посвящены декретальному праву: пространные комментарии на «Clementinae» («Lectura super Clementinis», 1402 г.) и «Декреталии» Григория IX («Commentaria in V libros decretalium», между 1404 и 1410 гг.), в которых Дзабарелла обобщил достижения предшественников. «Lectura...» впоследствии широко использовалась декреталистами для дополнений ординарной глоссы на «Clementinae» Иоанна Андреа (ум. в 1348 г.). История текста комментариев Дзабареллы на «Декреталии» не исследована. В 1502–1602 гг. вышло четыре издания, однако все они содержали неокончательную, сокращённую редакцию. Большой практический опыт Дзабареллы нашёл отражение в сборниках «Consilia» («Советы»; анализ правовых казусов, юридические консультации; сохранился один из двух сборников, состоит из 154 текстов), «Repetitiones» («Повторения»; развёрнутые толкования отдельных законов и глав юридических сводов), «Quaestiones» («Вопросы»; связанный с традицией университетских диспутов жанр учебной литературы: толкование реальных или гипотетических казусов и правовых проблем с приведением аргументов pro et contra). Дзабарелла является автором трактатов по риторике («De arte metrica»), логике и моральной философии («De natura rerum diversarum», «De felicitate libri III»), теологии («De corpore Christi»). Сохранилось его обширное эпистолярное наследие, а также речи и проповеди. Судя по количеству списков, его труды были популярны. Дзабарелла не принадлежал к кругу гуманистов, но состоял в переписке с Колюччо Салютати, Джованни Франческо Поджо Браччолини (1380–1459 гг.) и др. (некоторые из них написали сочинения на смерть Дзабареллы).