17–21 сентября патриарх нанёс визит в Грузинскую православную церковь, а 4–6 апреля 1982 г. посетил Кипрскую православную церковь, где участвовал в заседании Синода Кипрской церкви, созванном для решения вопроса о восстановлении в сане митрополитов Пафосского Геннадия и Китийского Анфима. В Синоде также приняли участие Александрийский  патриарх Николай VI (1968–1986 гг.) и Антиохийский патриарх Игнатий IV (с 1979 г.). С 15 июня по 7 июля 1982 г. Диодор нанёс официальные визиты в Румынскую, Сербскую и Болгарскую православные церкви, а с 16 сентября по 27 октября 1982 г. пребывал в США, где был принят президентом Рональдом Рейганом. 14–21 ноября 1986 г. он посетил Румынскую православную церковь, участвовал в интронизации Румынского патриарха Феоктиста (1986–2007 гг.). 1 сентября 1988 г. во время визита в Грецию освятил восстановленный храм представительства Святогробского братства в Афинах (район Плака). 2 декабря 2000 г. Диодору была вручена премия Российского фонда Андрея Первозванного. В период его патриаршества были проведены работы по обновлению и достройке зданий патриархии, патриаршей резиденции, монастыря архангела Михаила в Яффе, базилики Рождества Христова в Вифлееме, храма святителя Николая в Акабе. Арабская паства Иерусалимского патриархата выступала за усиление арабского элемента в управлении церковью, а также против распродажи недвижимого имущества патриархата, однако эти выступления носили умеренный характер. В 1993 г. возник кризис в отношениях с Константинопольским патриархатом, связанный с попытками Иерусалимского патриархата учредить представительство в Австралии. Константинопольская церковь расценила эти попытки как вмешательство в собственную юрисдикцию и собрала 30–31 июля 1993 г. в Стамбуле Собор, в котором также участвовали Александрийский патриарх Парфений III (1987–1996 гг.) и архиепископ Афинский и всея Эллады Серафим. Собор осудил действия Диодора, прервав с ним общение, а также изверг из архиерейского сана Тимофея Лиддского и Исихия Капитолиадского. Рассмотрение Собором данного дела происходило в отсутствие Диодора и без участия представителей большинства поместных православных церквей. В конце концов, Диодор был вынужден отказаться от представительства в Австралии. В результате общение с ним со стороны Константинопольской церкви было возобновлено, а низвергнутые архиереи восстановлены в сане. В последние годы жизни Диодор тяжело болел сахарным диабетом и не мог самостоятельно передвигаться. 14 декабря 2000 г. он был госпитализирован в иерусалимскую больницу «Хадасса Эйн-Карем» с микроинфарктом. Отпевание было совершено 22 декабря 2000 г. Тело патриарха было погребено в крипте храма святых Апостолов в монастыре в Малой Галилее на Елеонской горе с его предшественниками, предстоятелями Иерусалимской церкви.