Досифею II Нотаре принадлежит важнейшая роль в создании в России двух греко-славянских школ: средней (Типографского училища) и высшей (Эллино-греческой академии, будущая Славяно-греко-латинская академия). Так, в начале 1681 г. при его активной поддержке иеромонах московского Чудова монастыря Тимофей, бывший на Иерусалимском соборе 1672 г. и подписавший его акты, организовал при московской типографии преподавание греческого языка, а в середине 1680 гг. в ответ на постоянные запросы русского правительства прислать греческих учителей Досифей II Нотара направил в Москву иеромонахов братьев Иоанникия и Софрония Лихудов, которые основали в русской столице академию, преподавали в ней и сыграли важную роль в споре с латинофронами во главе с Сильвестром (Медведевым) о времени пресуществления Святых Даров в Евхаристии, отстояв православное учение о преложении во время эпиклезы. В начале 1690 гг. Досифей II Нотара предполагал создать в Москве греческую типографию, где должна была издаваться преимущественно антикатолическая полемическая литература, как продолжение деятельности, начатой им в Яссах. Прибывший в 1692 г. в Москву архимандрит Хрисанф Нотара с 18 греческими рукописными полемическими сборниками от имени Досифея II Нотары просил издать их в Москве на греческом языке. 3 апреля 1693 г. вышел указ русского правительства об устроении типографии, но практического осуществления этого решения не последовало. Одновременно выяснилось, что братья Лихуды не расположены к Досифею II Нотаре (в частности отказались помогать в деле открытия греческой типографии и справы привезённых рукописей). Решив наказать Лихудов, Досифей II Нотара послал грамоты Московскому патриарху и царю, в которых выдвинул ряд обвинений против братьев (одним из обвинений было преподавание латыни). В результате интриг братья Лихуды были отстранены от преподавательской деятельности. Увидев тщетность попыток открыть типографию, Досифей II Нотара потерял интерес к этому делу: в начале 1694 г. архимандрит Хрисанф был отозван из Москвы. Когда в 1697 г. Московский патриарх Адриан (1690–1700 гг.) сообщил Досифею II Нотаре, что для типографии получено оборудование, тот не ответил. Обещав в 1698 г. прислать в Москву справщика, Досифей II Нотара так и не сделал этого. Исследователи полагают, что его охлаждение было связано с возобновлением в 1694 г. книгопечатания в Яссах. С целью сохранения чистоты православия в России, опасаясь, что выходцы с юга России могут служить проводниками латинских воззрений и новшеств, Досифей II Нотара всячески старался воспрепятствовать им занимать в Москве высокие церковные должности. Он с большим подозрением отнёсся к назначению в 1700 г., после смерти патриарха Адриана, местоблюстителем патриаршего престола митрополита Стефана (Яворского; 1701–1721 гг.), находившегося некоторое время в униатстве (см. Униаты), поэтому испытывавшего сильное влияние католического богословия. Досифей II Нотара настоятельно просил вмешаться в эту ситуацию Константинопольского патриарха. В 1704 г. в одном из посланий он резко критически отзывался о митрополите Стефане, выступая против его западных воззрений и образовательной политики, обвиняя митрополита в том, что он не защищает догматы православия. По мнению Досифея II Нотары, Московским патриархом мог быть только русский, т.к. украинцы находились под сильным влиянием латинской мысли.