Позднее Досифей II Нотара регулярно снабжал Россию информацией об османской политике, пытаясь влиять не только на внешнюю политику России, но и на дела Русской церкви, убеждая царя и Московского патриарха основывать новые епископские кафедры и образовывать из них митрополии. В посланиях патриарху Иоакиму (1674–1690 гг.) от 1679 г. Досифей II Нотара призывал уберегать паству от католического влияния, сжечь латинские книги, заменив их греческими, которые он регулярно присылал в Москву. В 1685–1686 гг. он оказался вовлечённым в дело о подчинении Киевской митрополии Московскому патриарху. После поставления Московским патриархом Иоакимом 8 ноября 1685 г. в Москве Гедеона (Святополка-Четвертинского) митрополитом Киевским, Галицким и всея России Киевская митрополия de facto оказалась подчинённой Московскому патриарху; оставалось получить отпускную грамоту от Константинопольского патриарха. Послам из Москвы и от украинского гетмана Ивана Самойловича (1672–1687 гг.) было приказано после прибытия в Адрианополь обратиться к Досифею II Нотаре как к человеку, преданному России и имеющему большое влияние, чтобы он «с Константинопольским патриархом советовал» и в отпускной грамоте поставил свою подпись (в случае получения послами грамоты от Досифея II Нотары ему полагалась милостыня в 200 золотых). Однако патриарх сначала отказал послам, т.к. счёл переход Киевской митрополии в юрисдикцию Московского патриарха неканоничным. Только после одобрения этого перехода великим везиром, стремившимся в тот период сохранить хорошие отношения с Москвой, Досифей II Нотара неохотно согласился, но отказался подписаться под отпускной грамотой вместе с Константинопольским патриархом Дионисием IV. Вместо этого 14 апреля 1686 г. он направил с русским посольством собственные грамоты к царям Иоанну V и Петру I, Московскому патриарху, гетману и митрополиту Гедеону. Из содержания грамоты к царям следует, что Досифей II Нотара не изменил своего отрицательного отношения к подчинению Киевской митрополии Московскому патриарху: кроме высказывания, что такое подчинение противоречит канонам и может стать причиной схизмы на православных землях Речи Посполитой, он осуждал метод, которым цари и патриарх Иоаким хотели получить утверждение. По его мнению, разрешение нужно было просить не только у Константинопольского патриарха, но и у всех остальных восточных патриархов. Патриарх был также огорчён тем, что послы пытались получить отпускную грамоту в обмен на милостыню, и считал, что делать это стоило «просто ради веры и пользы верных». В стремлении добиться перехода Киевской митрополии в юрисдикцию Московского патриарха Досифей II Нотара усматривал «самолюбие церковников», т.е. патриарха Иоакима, отношения с которым после 1686 г. у него испортились окончательно (до смерти патриарха Иоакима они больше не обменялись ни одной грамотой). В послании к нему Досифей II Нотара откровенно писал: «Некий верх злых нас сокрушает, и нас сушат церковныя смущения и бури самолюбное же и зарватное, и несытость славы, и желание чуждих, которое зло нетокмо ныне зде преизлишествует, но достигло также и до вас». Его отрицательное отношение к этому делу определялось беспокойством более общего характера, что рост политического могущества России (которого он несомненно желал, т.к. видел в нём залог освобождения греков) приведёт к росту влияния Московского патриарха в ущерб другим восточным патриархам.