С сентября в Берите (современный Бейрут) началось разбирательство по делу епископа Ивы Эдесского, обвинявшегося в ереси и канонических преступлениях. Тогда же Диоскор открыто обвинил Антиохийского епископа Домна II в приверженности к несторианству и в потворстве Феодориту Кирскому, которому было разрешено проповедовать в храмах Антиохийской церкви. При этом Диоскор намекал, что преданные ему на Востоке монахи вскоре смогут доставить неприятности всякому, кто встанет на его пути. В ноябре 448 г. был созван Константинопольский собор под председательством Флавиана, который низложил архимандрита Евтихия за отказ признать соединение двух естеств во Христе после воплощения, а также за отрицание того, что Христос единосущен нам по плоти, что стало серьёзным ударом для Диоскора. Собор носил название «Собор пребывающий», поскольку Константинополь был епископским городом без подчинённых ему кафедр. Во главе епископов провинции стоял Ираклийский митрополит, так что епархиальные Соборы должны были созываться в Ираклии, хотя созывались в Константинополе. Поскольку у Константинопольского епископа не было определённого круга подведомственных епископов, обязанных являться на Соборы, то на них приглашали всех епископов, находившихся в то время в Константинополе. На этих Соборах присутствовали епископы всех христианских стран, так что круг дел, на которые простиралась компетенция Собора, был очень велик. Именно на таком Соборе, когда заседание уже кончилось, неожиданно для Флавиана Дорилейский епископ Евсевий подал письменное обвинение против Евтихия в ереси. Однако Евтихия поддерживал двор императора Феодосия II, а также значительная часть египетского и сирийского монашества. Евтихий апеллировал к Риму и другим влиятельным центрам, в том числе к Александрии. Его осуждение дважды было предметом разбирательств на поместных Соборах в Константинополе весной 449 г. Побуждаемый сильной придворной партией, император 30 марта назначил на 1 августа проведение Вселенского собора в Эфесе для нового пересмотра дела Евтихия. Созыв Собора был поручен Диоскору, который явно злоупотребил своим положением: противники Евтихия от Собора были устранены, его явные приверженцы и противники Флавиана были приглашены на Собор, даже если по канонам они и не имели на то права. Феодосий II передал на рассмотрение предстоящему Собору «дело» Ивы Эдесского. 6 августа Диоскор был назначен председателем Собора совместно с епископами Ювеналием Иерусалимским (422–458 гг.) и Фалассием Кесарийским. Первое заседание второго Эфесского собора под председательством Диоскора открылась 8 августа 449 г. Первым разбиралось «дело» Евтихия. На вопрос Диоскора, «терпимо ли говорить о двух естествах после воплощения», Собор высказался отрицательно, анафематствовав всякого, кто так утверждает. Когда же было зачитано вероисповедание Евтихия («Господь наш состоит из двух естеств прежде соединения, а после соединения исповедую одно естество»), Диоскор вместе с Собором подтвердил это. Евтихий был объявлен православным, восстановлен в прежнем сане и получил обратно в управление монастырь.