Флавиана Константинопольского (446–449 гг.) он ни разу не удостоил чести писать к нему. Это не означает, что Диоскор не признавал Флавиана православным. Причина тому была в том, что Диоскор не хотел признавать постановления второго Вселенского собора, который, поставив Константинопольского епископа на втором месте, направил своё постановление не столько против Римского епископа, сколько против Александрийского, который лишался второго места. Поэтому, не желая писать к Флавиану, он не хотел признавать его самостоятельным епископом, а просто суффраганом Ираклийского митрополита. Диоскор проявил себя как мстительный, самоуверенный, не терпевший возражений тиран. Он не только претендовал на роль ревностного почитателя памяти своего предшественника (что не помешало ему, заняв престол, открыто преследовать племянника почившего патриарха), но и желал быть единственным толкователем богословского наследия Кирилла Великого. При этом Диоскор придерживался крайних взглядов представителей александрийской богословской школы, выступая за полное уничтожение всяких следов христологии «двух природ». Он рассматривал её как еретическую, равнозначную несторианству, и опасную, т.к. на Востоке это учение проповедовали новые лидеры антиохийской богословской школы Феодорит Кирский и Ива Эдесский (ум. в 457 г.). Всякого епископа, подозреваемого в том, что он разделяет учение Нестория, Диоскор считал недостойным священства. Он был убеждён, что только формула «единая природа Бога Слова воплощённая», использовавшаяся Кириллом Великим и считавшаяся принадлежащей Афанасию Великому (328–336, 337–339, 346–356, 362, 364–365, 366–373 гг.) может быть эффективна в борьбе со вновь активизировавшимся несторианством. Кроме того, Диоскор был готов твёрдо отстаивать положение своей кафедры в иерархической системе церквей и в особенности противиться возвышению Константинополя. В церковной истории он приобрёл известность защитой еретика Евтихия и участием в монофизитской смуте. Осуждённый за ересь на Константинопольском поместном соборе 448 г. под председательством Константинопольского патриарха Флавиана, Евтихий нашёл сильных покровителей в лице всемогущего евнуха Хрисафия и самого императора Феодосия II Младшего (408–450 гг.). К ним примкнул и Диоскор, и монофизитское брожение получило новые силы. Стоны об упадке православия находили в Александрии понимание, почёт, ласку и полное удовлетворение своим убеждениям. Люди, оскорблявшиеся проповедями Феодорита о том, что следует выдерживать неслиянно два естества во Христе, возмущавшихся, например, таким выражением: «Фома осязал человека и поклонился Богу», – могли с отрадой и упоением слушать в  присутствии Диоскора возгласы монахов: «Да. Угодно вам это или нет, но Бог умер». Евтихианство развилось из крайностей александрийского воззрения, и Диоскор, как представитель александрийской церкви и александрийской богословской школы, счёл нужным принять его под своё покровительство в борьбе с противоположной антиохийской христологией. Авторитет антиохийских богословов упал ещё ниже: их дискредитировали в их прошлом, их подозревали в настоящем.