Такой взгляд на учение об искуплении был воспринят большинством англиканских богословов как покушение на основы их христологии, и после выхода этого экскурса в первом издании комментария Бенджамин Джоуэтт был вызван к вице-канцлеру Оксфордского университета, чтобы официально подтвердить свою верность 39 артикулам веры Церкви Англии (см. «Тридцать девять статей»). В экскурсе «О предопределении и свободной воле» Бенджамин Джоуэтт утверждает, что апостола Павел парадоксальным образом сочетает оба тезиса: человек спасён милостью Бога, и принятие милости требует человеческого ответа (ср.: Фил. 2:12). Объясняя этот парадокс, Бенджамин Джоуэтт проводит различие между предвидением и предопределением и подчёркивает, что первое можно утверждать без отрицания человеческой свободы. Это значит, что наличие свободной воли у человека не означает её конфликта с волей Бога, поскольку милость Божия осуществляется через человеческую свободу. «Свобода человека в более высоком смысле есть милость Бога, но и в более низком смысле (простого выбора) не противоречит ей». Идея предопределения вовсе не должна рассматриваться как некоторый абстрактный принцип, приложенный к истории, но только из перспективы опыта свободного ответа человека благодатному дару Божию. Для сборника «Эссе и обзоры» (1860 г., в который вошли статьи, написанные семью либеральными англиканскими учёными, шестеро из которых были англиканскими священниками) Бенджамин Джоуэтт написал статью «О толковании Священного Писания». Сборник вызвал критику со стороны консервативных богословов, а против двух его авторов был возбуждён процесс, на котором их обвиняли в ереси. Авторы подвергли критике ортодоксальные супранатурализм и представление о богодухновенности с позиции рационалистической науки в духе идеологии Просвещения. Бенджамин Джоуэтт повторяет ставшее уже аксиоматичным в рационалистических кругах положение: Библия должна интерпретироваться, как любая другая книга. Цель интерпретации состоит в том, чтобы увидеть первоначальный смысл, заложенный автором, в историческом контексте. В статье Бенджамин Джоуэтт выделяет подходы, которые препятствуют правильному толкованию Библии. Он писал о том, что неверным представлением о богодухновенности является догматическое, которое не поддержано непосредственно библейскими авторами и противоречит фактам истории или других наук. Стремление понимать тексты в согласии с догмами или Символами веры приводит, по мнению Бенджамина Джоуэтта, к излишнему акценту на одних текстах и пренебрежению к другим. Наконец, интерпретации препятствует отказ толкователей признать, что Библия была написана языком Древнего Востока и не может быть просто понята в категориях западной мысли. Настоящая, ответственная библейская критика, по Бенджамину Джоуэтту, повышает, а не снижает ценность Священного Писания. «Будучи истолкована как и всякая иная книга…, Библия всё-таки остаётся неравной иным книгам; её красоту увидят вновь, как в картине, восстановленной после многих лет в первоначальном виде; та жизнь, которая есть в ней, вызовет новый интерес и создаст для себя новый вид авторитета. Этот дух, а не буква, как было в начале, будет действовать, подобно реченному слову или вновь обнаруженной книге».