В структуру Департамента духовных дел были также включены канцелярия, хозяйственный отдел, библиотека и архив. От департамента зависели Римско-католическая коллегия, Греко-униатская коллегия (до 1837 г.), Генеральная евангелическо-лютеранская консистория, Оренбургское, Таврическое и два Закавказских духовных правления мусульман, Комиссия о вакуфах (в Симферополе) и другие руководящие органы и духовные лица различных конфессий и религий. До 1899 г. при Департаменте духовных дел существовала Раввинская комиссия. В отличие от других департаментов Министерства внутренних дел он не имел своих структур на местах, и его деятельность проводилась через территориальные административные органы. Хотя в других ведомствах лица неправославного исповедания могли занимать высокие посты, в Департаменте духовных дел служили только православные чиновники. Лишь в качестве внештатных экспертов могли привлекаться «иноверцы». Деятельность Департамента духовных дел была направлена на охрану устоев православия как государственной религии империи. Департамент духовных дел разрабатывал различные законодательные вопросы, связанные с иноверцами; контролировал сношения российских католиков с Римской курией, готовил представления об определении и увольнении членов Римско-католической коллегии, утверждавшиеся императором, назначал в католические капитулы прелатов и каноников, открывал новые католические епархии и приходы; утверждал руководителей и членов протестантских консисторий и мусульманских духовных правлений; разрешал правовые и имущественные вопросы евреев; вёл секретную переписку о политическом положении армян, поляков, литовцев и др. Департамент духовных дел учреждал новые духовные должности, заведовал устройством конфессиональных округов и учебных заведений, давал распоряжения о постройке и ремонте храмов, молитвенных домов и богоугодных заведений, осуществлял надзор за доходами и расходами иноверческих организаций, разрешал вопросы о землевладении иностранцев, занимался духовной иноверческой цензурой. Также вёл статистику числа церквей, духовных лиц, прихожан, регулировал дела о метрикации, признании смешанных браков и разводов, принятии христианства, устанавливал праздничные дни для «иноверцев», награждал духовных лиц знаками отличия. Департамент духовных дел контролировал духовную жизнь около пятой части населения России: по данным переписи 1897 г., в стране проживало почти 14 млн. мусульман, 4,3 млн. католиков, около 4 млн. иудеев, 3,2 млн. протестантов, 1,6 млн. старообрядцев, больше 300 тыс. буддистов и язычников. После Февральской революции 1917 г. директором Департамента духовных дел был назначен Сергей Андреевич Котляревский. При нём в департаменте шла работа по реформированию всего религиозно-гражданского законодательства. В разработке законопроектов участвовали представители религиозных организаций. В частности, в Департаменте духовных дел было разработано постановление «О свободе совести», принятое Временным правительством 14 июля. 5 августа 1917 г. было образовано Министерство исповеданий, которому были переданы канцелярия Святейшего Синода и Департамент духовных дел. Министром был назначен Антон Владимирович Карташёв, а С.А. Котляревский стал его товарищем. Это ведомство практически не успело сформироваться и было упразднено 25 октября 1917 г.