В монографии «Григорий Цамблак и български литературны традиции в Източна Европа ХV–ХVII в.» (Велико Търново, 2004 г.) на материале большого количества источников (32 древнерусские летописи, хроники и документы различного происхождения, авторские произведения, многие из которых Н.А. Дончева-Панайотова датировала и ввела в научный оборот) впервые был исследован литовско-русский период жизни и деятельности митрополита Григория Цамблака (1406–1420 гг.), приведены археографические данные, касающиеся десятка сборников под названием «Книга Григория Цамблака», представлены новые доказательства влияния сочинений митрополита на произведения русской рукописной традиции. Так, впервые были опубликованы «Похвальное слово на поклонение честным веригам апостола Петра», которое является, по мнению Н.А. Дончевой-Панайотовой, литературной адаптацией «Похвального слова апостолам Петру и Павлу» митрополита Григория, ранее неизвестные произведения «Похвальное слово великомученику Георгию», «Толкование на Апостол» и «Поучение о прощении грехов». Издание иллюстрировано миниатюрами из Лицевого летописного свода царя Ивана IV Васильевича Грозного. Важным вкладом в развитие палеославистики стала книга Н.А. Дончевой-Панайотовой «Аджарски книжовници – илюстратори от ХVII в.» (Велико Търново, 1998 г.) – первый комплексный опыт исследования книжных и иллюстративных традиций книжников села Аджар (современный Свежен близ города Карлово, Болгария), среди которых исследователям наиболее известны поп Йовко, даскал Недялко и его сын даскал Филипп. В публикации изложены палеографические, историко-литературные и искусствоведческие аспекты их творчества, введена в научный оборот открытая Н.А. Дончевой-Панайотовой Праздничная Минея даскала Филиппа из библиотеки Великотырновской митрополии, опубликованы цветные и чёрно-белые репродукции орнаментов и миниатюр аджарских рукописей – Аджарского Четвероевангелия 1652 г., Аджарского дамаскина 1685 г., Псалтири 1692 г., Праздничной Минеи, Рильского и Костенецкого дамаскинов и др. Археографическими сведениями о новооткрытых и малоизвестных рукописях и средневековых произведениях Н.А. Дончева-Панайотова сопровождала все свои публикации, в том числе и в статье о собрании рукописей Великотырновской митрополии, в которой были напечатаны ранее не известные Похвальное слово и канон митрополита Киприана, посвящённые его предшественнику митрополиту Петру, неизвестные произведения Григория Цамблака и других авторов. Вкладом в историографию староболгарской литературы стала подготовленная Н.А. Дончевой-Панайотовой библиография трудов болгарского писателя и историка литературы Пеньо Русева.