В 1536 г. по приказу короля Генриха VIII на кафедру был избран августинец Джордж Браун, который, прибыв в Ирландию, начал церковно-реформаторскую деятельность. На заседаниях ирландского парламента в 1536–1537 гг. были одобрены принципы английской Реформации. Архиепископ заменил Символ веры новым текстом исповедания, запретил литургическое поминовение Римского папы. Началось уничтожение церковных образов и реликвий, в 1538 г. на площади перед собором Святой Троицы были сожжены священные реликвии, в том числе посох Иисуса. В 1536–1538 гг. было закрыто большинство монастырей. Крупнейший в архиепископстве цистерцианский монастырь Пресвятой Богородицы закрыли в 1539 г., 15 насельников монастыря просили разрешения остаться в обители на правах общины каноников, но были изгнаны, а монастырские здания обращены в военный склад. В декабре 1539 г. была проведена реорганизация секулярных каноников собора Святой Троицы, которые были переведены в разряд белого духовенства с обязательством носить светскую одежду. В 1539–1540 гг. прекратили существование обители францисканцев и доминиканцев (в зданиях доминиканского монастыря Спасителя в Дублине разместилась судебная палата), в 1542 г. – монастырь и больница св. Иоанна и приорат госпитальеров в Килмейнеме. В феврале 1539 г. король Генрих VIII даровал городу приорат Всех святых со всем имуществом. Капитул собора св. Патрикия был распущен в 1547 г. Представители белого духовенства, отказывавшиеся подчиняться приказам архиепископа-реформатора, подвергались аресту. После восшествия на престол королевы Марии I Тюдор (1553 г.) Реформация была приостановлена, отменены законы против католиков, и восстановлена духовная власть папы Римского. В 1554 г. архиепископ Дж. Браун, обвинённый в нарушении целибата, был смещён с кафедры. Благодаря личному вмешательству королевы капитул собора св. Патрикия в Дублине и приорат госпитальеров в Килмейнеме были восстановлены, получив обратно конфискованные земли. В 1555 г. по настоянию королевы на кафедру был избран Хью Керуин, каноник собора св. Патрикия, вскоре назначенный канцлером Ирландии. Однако после смерти Марии I Тюдор архиепископ перешёл на сторону Реформации (1559 г.), а впоследствии получил от английской королевы Елизаветы Оксфордское епископство (1567 г.). После перехода архиепископа Хью Керуина на сторону Реформации католическая кафедра Дублина пустовала. В 1560 г. в Ирландию прибыл иезуит Дейвид Вулф, назначенный папским комиссаром. Не имея возможности посетить Дублин, он передал административные полномочия священнику Томасу Ньюмену. К 1575 г. управление различными частями церковной провинции Дублина находилось в руках архиепископа Арма, епископов Мита и Корка. Во второй половине XVI в. в Дублине возобновились гонения на католиков, особенно после неудачного восстания 1580 г. В 1581 г. были казнены трое мирян, публично объявивших себя католиками; в 1584 г. был казнён католический святой Дермот О'Хёрли, архиепископ Кашелский. Около 1585 г. в Дублинском замке в заточении скончался епископ Имли Мёрроу О'Брайан.