В ризнице хранился крест с мощами многих святых, «древние» иконы, богослужебные сосуды XVII–XIX вв., облачения, пожертвованные в том числе князем Александром Аркадьевичем Суворовым-Рымникским. В библиотеке, располагавшейся рядом с ризницей, хранились синодики 1651 и 1736 гг., несколько рукописных и около 2 тыс. печатных книг. После закрытия Давидовой пустыни в XX в. многие святыни были утрачены. К 2006 г. в монастыре находилась рака с мощами преподобного Давида, частица гвоздя от Распятия Господня, частица хитона Господня, частица ризы Пресвятой Богородицы, около 150 частиц мощей святых, в том числе Вифлеемских младенцев, великомученика Евстафия Плакиды, святителя Николая Чудотворца, преподобных Давида Солунского, Никиты Столпника, Ферапонта Можайского, Германа Аляскинского и др. Особой известностью пользуется источник преподобного Давида на подворье Давидовой пустыни у деревни Талеж Чеховского района. После 1917 г. Давидова пустынь была закрыта, в 1930 гг. рядом с монастырём основан посёлок Новый Быт, часовня в Москве снесена в 1930 гг. Некоторые из насельников до середины 1930 гг. проживали в зданиях монастыря и его окрестностях, позднее практически все были репрессированы; престарелый архимандрит Валентин замучен до смерти. Были снесены главы Вознесенского собора, Никольской и Знаменской церквей, в зданиях Давидовой пустыни открыли клуб и сельскохозяйственный техникум. В 1950 гг. уничтожено монастырское кладбище, на котором был погребён герой войны 1812 г. генерал от инфантерии Дмитрий Сергеевич Дохтуров, представители рода Оболенских. Постройки ветшали и разрушались. В 1992 г. жители посёлка Новый Быт организовали православную общину, которой был передан собор Всемилостивого Спаса. 1 июня 1995 г. Давидова пустынь была возобновлена, настоятелем назначен иеромонах (впоследствии архимандрит) Герман (Хапугин; ум. 26 июля 2005 г.), 6 октября 2005 г. – архимандрит Роман (Гаврилов), 10 августа 2006 г. хиротонисанный во епископа Серпуховского, викария Московской епархии. 6 октября 2011 г. решением Священного Синода настоятелем был назначен иеромонах Сергий (Куксов). В сентябре 2006 г. в Давидовой пустыни проживали архимандрит, игумен, пять иеромонахов, три иеродиакона, два монаха. 23 мая 1997 г. в Давидовой пустыни были обретены мощи преподобного Давида, находящиеся ныне в Знаменском храме, слева от царских врат. Братия составила службу с акафистом преподобному Давиду Серпуховскому. Благоустроено монастырское кладбище, в 2002 г. найдено и восстановлено захоронение генерала Д.С. Дохтурова. Обитель имеет подворья при Преображенском храме в деревне Старый Спас и при храме преподобного Давида Серпуховского близ деревни Талеж.