Замену закрытого кивория открытым балдахином исследователь связывает с началом интенсивного мироточения святыни и необходимостью облегчить доступ верующих к миру. Мраморный киворий-балдахин был разрушен в 1430 г. По мнению исследователей, к нему относится фрагмент с изображением части мужской фигуры, сидящей на троне, обнаруженный во время раскопок 1917 г. (сейчас находится в крипте). Фессалоникийский архиепископ Евстафий (1175 – 1195/1196 гг.) упоминает гробницу, украшенную серебром и золотом. Напротив кивория мог находиться амвон, исследователям известно, что он помещался в южной части центрального нефа. Его место при работах 1917 г. найдено не было, но были обнаружены остатки двух амвонов (хранятся в Византийском музее в Фессалонике). Современный мраморный киворий выполнен в 1988 г. братьями Филиппотисами с острова Тинос по проекту А. Орландоса, живописное убранство – афонскими монахами Хризостомом и Феофилом Пахомеями (1989 г.). К юго-восточному углу храма в 1303 г. протостратором Михаилом Тарханиотом (согласно надписи на северной стене) была пристроена маленькая трёхнефная базилика с тремя парами колонн, одна из которых примыкает к западной стене; вход в парекклисион устроен из восточного обхода южного рукава трансепта. Тогда же парекклисион был расписан. Фрески выполнены двумя художниками, один из которых был связан с Мануилом Панселином, а другой ориентировался на живопись Михаила Астраты и Евтихия. В целом роспись парекклисиона, по мнению исследователей, принадлежит к лучшим образцам живописи палеологовского ренессанса, с характерным вниманием к пластике фигур, свободным естественным разворотам, лики отличаются «портретностью», внешней красотой, отмечены мягкостью черт, ярким, нарядным колоритом. Ближайшим аналогом росписи парекклисиона исследователи считают фрески этого периода монастыря Осиос Давид и фрагменты фресок диаконника церкви великомученика Пантелеимона в Фессалонике. В конхе центральной апсиды – Богородица с Младенцем на престоле и два поклоняющихся ангела по сторонам трона, ниже – полуфигуры святителей, в первом регистре – ростовые фигуры четырёх отцов церкви. Над апсидой – «Благовещение». В центре композиции, между фигурами архангела Гавриила и Богоматери, – Нерукотворный образ Спасителя. В виме – «Пятидесятница», на стенах рядом с «Пятидесятницей» - «Евхаристия». На предалтарных столпах - ростовые фигуры в арочном обрамлении – великомученик Димитрий (слева) и преподобный Евфимий (справа). Над колоннами – евангельский цикл, чудеса и Страсти Христовы, а также одно из лучших по исполнению и психологическим характеристикам изображений – композиция «Изгнание торгующих из храма». В арках колоннады – полуфигуры преподобных (Иоанн Дамаскин и Феодор Студит, Косма Маюмский и Иоанн Лествичник). На северной стене – житийный цикл св. Евфимия, в хорошем состоянии композиции «Исцеление парализованного сарацина», «Крещение св. Евфимием сарацина», «Исцеление бесноватого» и «Успение преподобного Евфимия». Ниже – ростовые фигуры святых, различимы два святых воина и святитель Николай. В конхе диаконника – св. Иоанн Предтеча и два иерарха. На западной стене центрального нефа – плохой сохранности «Успение Богородицы».