В 1581 г. в Нидерландах было опубликовано апологетическое христианское сочинение Филиппа Дюплесси-Морне «De la vérité de la religion chrestienne, contre les athées, épicuriens, payens, juifs, mahumédistes et autres infidèles» («Об истинности христианской религии, против атеистов, эпикурейцев, язычников, евреев, магометан и прочих неверных»), в котором автор-протестант не сделал критических выпадов против Римско-католической церкви. Филиппу Дюплесси-Морне принадлежит авторство многочисленных политических документов, речей и писем Генриха Наваррского (например, «Lettre aux trois États de ce royaume», где обещалась свобода вероисповедания католикам и гарантировались права протестантов), а также трактатов против Католической лиги, где он, отстаивая идею, что религия определила его верность королю-протестанту, настаивал на разделении религиозной и политической составляющих в борьбе с Лигой, стремясь представить конфликт как исключительно политический. С переходом в 1581 г. города Монтобан к гугенотам Филипп Дюплесси-Морне был назначен его правителем. При посредничестве Филиппа Дюплесси-Морне кальвинистские консистории признали Генриха Наваррского главой протестантской церкви во Франции, что было подтверждено синодом в Витре в 1583 г. и ассамблеей гугенотов в Ла-Рошели в 1588 г.; после убийства герцога Генриха Гиза (1588 г.) Филипп Дюплесси-Морне способствовал оформлению союза Генриха Наваррского и французского короля Генриха III в борьбе против Лиги. В 1589 г. был назначен правителем Сомюра (город отошёл гугенотам). В этой должности Филипп Дюплесси-Морне пребывал до 13 мая 1621 г. После убийства Генриха III (1589 г.), когда остро встал вопрос о наследовании Генрихом Наваррским французской короны при условии его возвращения в католичество, Филипп Дюплесси-Морне не без некоторой доли наивности надеялся, что богословский диспут между католиками и кальвинистами сможет убедить короля отказаться от этого шага. В 1592 г. от имени и при поддержке короля Филипп Дюплесси-Морне заключил договор с представителями Католической лиги об организации подобного диспута и даже начал его подготовку, однако диспут так и не состоялся (в мае 1593 г. Генрих Наваррский публично заявил о желании вернуться к католической вере). Впоследствии Филипп Дюплесси-Морне продолжал играть значительную роль в кальвинистской церкви во Франции, выступая посредником между королём и гугенотами на ассамблеях в Манте (1593 г.), Сент-Фуа (1594–1595 гг.), Лудёне (1596–1597 гг.), способствовал признанию Нантского эдикта (1598 г.). В 1599 г. Филипп Дюплесси-Морне основал в Сомюре протестантскую академию, расцвет которой, в частности, в сфере теологии, пришёлся на XVII в. (в 1685 г. закрыта королём Людовиком XIV).