По распоряжению императора Николая I от 18 июля 1850 г. Успенская церковь была обновлена: в 1850–1853 гг. расписаны стены, перелит 41-пудовый колокол, приобретены книги и утварь. В 1893 г. в Домнине открылась церковноприходская школа, разместившаяся в двухэтажном кирпичном здании, одна из лучших в губернии. Школа была построена Александровским православным братством (занималось просветительной и благотворительной деятельностью). В год 300-летия Дома Романовых неподалёку от Домнина, в деревне Деревеньки, являющейся родиной Ивана Сусанина, на месте, где, по преданию, стоял его дом, Александровским братством была возведена памятная часовня из красного кирпича. Её освящение состоялось 20 октября 1913 г. – накануне 19-й годовщины восшествия на престол императора Николая II. До 1917 г. в часовне совершались молебны в царские дни и панихиды по царю Михаилу Фёдоровичу и Ивану Сусанину. 3 сентября 1937 г. по обвинению в контрреволюционной и антиколхозной агитации был арестован клирик Успенского храма священник Константин Сокольский (1896–1937 гг.), 2 ноября тройкой УНКВД по Ярославской области (в то время Домнино входило в её состав) приговорён к расстрелу, 17 ноября приговор приведён в исполнение (место расстрела и место погребения священника Константина исследователям неизвестны). Храм был закрыт, большая часть икон и утвари уничтожена. Осенью 1937 г. в здании церкви был устроен склад зерна домнинского колхоза имени НКВД. Решением Ярославского облисполкома от 22 марта 1941 г. храм был официально закрыт. В конце 1942 г. колхозники Ярославской области собрали средства на строительство танковой колонны, которой было присвоено имя Ивана Сусанина. С 1941 г. прихожане Успенской церкви обращались в Президиум Верховного Совета РСФСР с просьбой о возвращении храма, рядом с которым погребён русский народный герой Иван Сусанин. По распоряжению Президиума Верховного Совета РСФСР решением Ярославского облисполкома от 23 февраля 1943 г. здание церкви было передано общине. 15 августа 1944 г. в Домнино был назначен священник. В середине 1950 гг. в часовне в деревне Деревеньки был сломан иконостас и устроен сенной склад, в 1970 гг. произведена внешняя реставрация часовни. Указом епископа Костромского и Галичского Александра (Могилёва) от 20 марта 1991 г. при Успенской церкви села Домнина было создано Успенское подворье Богоявленско-Анастасиина костромского женского монастыря. В апреле 1991 г. подворью передали здание бывшей церковноприходской школы (в советское время в нём размещалась школа, к 1991 г. из-за отсутствия учеников она была закрыта, и здание стояло заброшенным), в котором оборудованы келейные помещения. Тогда же местный совхоз передал сёстрам 56 га земли; была построена ферма на 15 коров. 8 мая 1993 г. подворье посетил патриарх Алексий II, отслужил заупокойную литию по Ивану Сусанину у часовни в Деревеньках и молебен в Успенском храме. 11 сентября 1994 г. близ Успенской церкви в ограде приходского кладбища был торжественно освящён деревянный крест, установленный на месте предполагаемого захоронения Ивана Сусанина. Определением Священного Синода от 25 марта 2004 г. Успенское подворье было преобразовано в женский монастырь во имя св. Царственных страстотерпцев, настоятельницей назначена игуменья Феофания (Ложкина). С 1 апреля 2004 г. обязанности настоятельницы Домнинского монастыря временно исполняет настоятельница Пахомиева Нерехтского монастыря игуменья Алексия (Ремизова). 5 июля 2004 г. к монастырю приписана памятная часовня в деревне Деревеньки. К 1 января 2007 г. в Домнинском монастыре числилось 11 сестёр: пять монашествующих, шесть послушниц.