Хотя школа Обаку-дзэн так и не добилась широкой популярности (в частности, из-за того, что все службы в храмах Обаку велись на китайском языке), благодаря ей японцы познакомились с достижениями культуры Китая эпохи династии Мин. Для этого периода характерно также сближение дзэн с конфуцианством. Некоторые дзэнские проповедники открыто порывали с дзэн и переходили на позиции конфуцианства (например, основоположник японского конфуцианства Фудзивара Сэйка, 1561–1619 гг.), ряд других вводили в дзэн чисто конфуцианские категории. Так, Бэнкэй учил, что сыновняя почтительность и вассальная преданность имеют первостепенное значение для буддистов. Крупнейшие реформаторы дзэн эпохи Токугава отказались от использования китайского языка, стремясь сделать изложение буддийских истин более доступным. Сохранению влияния дзэн способствовала и введённая в первой половине XVII в. система принудительной регистрации населения в храмах, в том числе дзэнских (тэраукэ), т.е. на храмы были возложены функции контроля за населением. После Обновления Мэйдзи (1868 г.) японская правящая элита взяла курс на превращение синто в основу государственной идеологии. В марте 1868 г. был издан указ о разделении синто и буддизма, правительство поощряло антибуддийское движение (япон. хайбуцу кисяку – искоренение буддизма). В ходе антибуддийской кампании многие храмы были разрушены. Дзэн окончательно потерял влияние в системе государственной идеологии, но сохранил значение в культуре. Во второй половине XX в. идеи дзэн распространились на Западе во многом благодаря адепту дзэн – Дайсэцу Тэйтаро Судзуки (1870–1966 гг.). Не случайно на Западе в обиход вошло японское, а не китийское название этого религиозного учения. Отрицание рационального подхода и предпочтение интуитивных методов познания и невербальных средств выражения истины предопределили тесную связь дзэн с искусством. Влияние дзэн исследователи обнаруживают в живописи, искусстве каллиграфии и чайной церемонии, в классическом театре Но, в боевых искусствах (каратэ, кэндо, дзюдо, айкидо), в архитектуре, поэзии, искусстве создания садовых комплексов и т.д. Многие проповедники дзэн были значимыми фигурами в мире искусства. Догэн, Иккю (1394–1481 гг.), Кэйдзан (1268–1325 гг.) были известными поэтами, Мусао Сосэки (1275–1351 гг.) прославился сооружением садовых комплексов при монастырях и разработкой эстетических принципов этого искусства. Эйсаю приписывается популяризация чая, а расцвет чайной церемонии связывают с именем Сэнно Рикю (1522–1591 гг.). Хакуин был выдающимся мастером живописи. В современной Японии в рамках дзэн-буддизма наибольшей популярностью пользуется школа Сото, насчитывающая около 15 тыс. храмов и 8 млн. адептов по всей стране.