Учитывая опыт Даурской духовной миссии среди бурят, Филофей (Лещинский) в 1705 г. направил миссию в Монголию для сбора сведений о буддистах и (если будет возможно) то и для обращения их в христианство. В апреле-мае 1719 г. митрополит Филофей посетил Верхнеудинск (современный Улан-Уде), где по просьбе прихожан Спасской церкви рукоположил во иерея Иоанна Никифорова, побывал в Селенгинске и Нерчинске. Это было первое посещение Забайкалья церковным иерархом. Ко времени создания Иркутского и Нерчинского викариатства Тобольской и Сибирской митрополии (1706 г.) только на территории современной Бурятии действовали два монастыря (Селенгинский и Посольский) и 14 православных церквей: баргузинская Спасо-Преображенская, верхнеудинские Богородице-Владимирская и Спасская, ильинская Богоявленская, кабанская Христорождественская, итанцинская Спасская, селенгинские Спасская и Покровская, хилокская Богородице-Владимирская, колесниковская Богородице-Казанская, тресковская Михаило-Архангельская, кударинская Благовещенская, чикойская Петропавловская, тункинская Покровская. В 1722–1727 гг. в Забайкалье жили члены Пекинской духовной миссии во главе с Переяславским епископом Иннокентием (Кульчицким), ожидавшие разрешения китайских властей на приезд в Пекин. Миссия была послана из Санкт-Петербурга по предложению митрополита Филофея, поскольку 26 апреля 1718 г. скончался глава первой Пекинской миссии, прибывшей в Китай в конце 1715 г., архимандрит Иларион (Лежайский). Члены миссии жили то в Селенгинском монастыре, то в Старом Селенгинске, то на монастырской заимке на реке Хилок (ныне село Поселье Бичурского района). В эти годы Иннокентий (Кульчицкий) изучал быт и нравы бурят и успешно проповедовал им христианство. В 1727 г. после отказа китайских властей принять православную миссию Синод назначил Иннокентия на новоучреждённую самостоятельную Иркутскую и Нерчинскую кафедру, в ведении которой оказалась Даурская духовная миссия. В 1734 г. из-за опасения осложнений в отношениях с Китаем русское правительство запретило миссионерскую деятельность в Восточной Сибири. К середине XVIII в. среди забайкальских бурят широко распространился ламаизм, поскольку по условиям Буринского и Кяхтинского договоров (1727–1728 гг.) российское правительство обязалось этому не препятствовать, в результате чего в Забайкалье прибыли 50 тибетских и 100 монгольских лам. Епископ Вениамин (Благонравов) в «Письмах из Посольского монастыря» относил окончание деятельности Даурской духовной миссии ко времени после назначения настоятеля Посольского монастыря архимандрита Илариона (Труса) в 1734 г. главой Пекинской миссии с оставлением в должности настоятеля и после кончины архимандрита Мисаила (1743 г.). Православная Забайкальская духовная миссия была возобновлена в 1814 г., при Иркутском епископе Михаиле (Бурдукове).