Начальствующая братия с казной и святынями временно покинула монастырь. Из 150 монахов, проживавших в обители до восстания, осталось 38. За время турецкой оккупации Афона Дохиар лишился всех невывезенных ценностей, в том числе серебряных рак и мощевиков, подворья были разграблены, а скот отобран. Для укрепления дисциплины в обители было решено письменно просить патриархию о замене идиоритмического устава киновиальным. Прошение это, подкреплённое личным присутствием в столице игумена Феоны, было удовлетворено на Синоде в 1834 г. Патриарх Константин I, зная трудности подобного перехода, прислал монахам письмо, в котором оговаривал правила и назначал на год временного игумена – Стефана из Дионисиата. Однако это начинание не увенчалось успехом из-за сопротивления ряда должностных лиц монастыря. В 1830 гг. началось возрождение Дохиара, связанное с хозяйственной реорганизацией и возобновлением сборов по епархиям Турции и новообразованной Греции. В архиве Дохиара хранится большое количество писем митрополитов, где они благодарят обитель за труды её миссионеров и просят посылать духовников в свои епархии. В результате прошения Дохиара о смягчении налогов султан Абдул-Меджид в 1841 г. издал фирман, строго запрещавший взимать с монастыря любые виды налогов, кроме десятины. У исследователей есть свидетельства, что в 1837–1861 гг. Дохиар был местом ссылки осуждённых клириков и мирян. Позднее бывший в числе сосланных епископ Траянопольский Анфим (1837 г.) стал монахом Дохиара и выполнял некоторые ответственные поручения. Стефан, иеромонах дохиарского подворья в Сливене, укреплял на мученический подвиг находившегося в тюрьме новомученика Димитрия Сливенского (ум. в 1841 г.), а перед казнью исповедал его и причастил Святых Таин. В 1843 г. на румынском подворье Дохиара Слобозия был издан «Проскинитарион» (описание святынь Дохиара), составленный епископом Смирнским Кириллом Дохиаритом. Свидетельством экономического преуспевания Дохиара явилось строительство ныне не существующих парекклисионов св. Димитрия (1841 г.), Святой Троицы (1843 г.), а также Николая Чудотворца на кладбище (1894 г.), нового архондарика, последнего этажа башни и входа в обитель, а также хозяйственных построек (стойл для скота, дома для рабочих, жилья для виноградарей, кузницы, конной мельницы, зернохранилища и проч.). В этот период начинается постепенное лишение Дохиара его недвижимости: в 1863 г. господарь Александру Куза отобрал у него владения в Румынии (монастырь Слобозию и др.); с присоединением к Болгарии Восточной Румелии Дохиар утратил владения в этом регионе; Балканские войны (1912–1913 гг.), Первая мировая война и Греко-турецкая война лишили Дохиар имений в Восточной Фракии и Малой Азии; были утеряны многие подворья даже в греческих землях.