Несколько насельниц переехали на хутор, другие поселились в богадельне Юрьева монастыря. На запрос верующих в 1920 г. предоставить Богородице-Рождественский собор для богослужений был получен отказ. В подвале собора чекисты устроили камеры для арестованных. Впоследствии, по сведениям старожилов, в соборе размещалась инкубаторная станция. Заведующий церковным отделом Новгубисполкома Н.Н. Левендаль, командированный из Москвы для проведения кампании по закрытию монастырей, в октябре 1920 г. рапортовал об окончательной «ликвидации» большей части обителей в Новгородском уезде, в том числе и Десятинного монастыря. В 1921 г. комиссия, командированная Львом Давидовичем Бронштейном (Троцким), произвела первое официальное изъятие изделий из драгоценных металлов, поступивших из православных храмов. В 1922 г. из Десятинного монастыря комиссией были конфискованы церковные ценности, в том числе 32 серебряных оклада Евангелий, более 200 серебряных окладов с икон и др. Верующие обратились в комиссию с просьбой о разрешении выкупить ковчег с мощами великомученицы Варвары и лампады. Комиссия дала указание оставить ковчег и лампаду в церкви без денежного выкупа. Все постройки Десятинного монастыря пострадали в 1941–1943 гг.: были утрачены шатёр колокольни, часть ограды с башнями, снарядами разрушен Богородице-Рождественский храм. Судя по фотографиям 1948 г., основной объём собора и центральная глава ещё сохранялись, отсутствовали приделы, боковые деревянные главы. Постепенно здание разобрали на кирпич, и в 1950 гг. на его месте образовался холм. Под грудой строительных материалов сохранились основания храма XIV в. К 1970 гг. монастырский комплекс, расположенный в центре Новгорода, состоял из полуразрушенных или руинированных зданий и требовал серьёзных реставрационных работ. Реставрация началась в 1975 г. под руководством Н.Н. Кузьминой силами Новгородских реставрационных мастерских. В 1975–1983 гг. по проектам Н.Н. Кузьминой была восстановлена восточная линия застройки: надвратная колокольня с пристроенными к ней часовней, просфорней и корпусами келий, примыкающими к ограде. При восстановлении зданий в северной линии на месте двух деревянных этажей надстроены каменные. Отреставрирована часть настоятельских келий к западу от собора. Южный и западный корпуса, отремонтированные после войны, не реставрировались. В руинированном состоянии остаётся Богородице-Рождественский собор. К 2007 г. в сохранившихся зданиях Десятинного монастыря находились музей, залы для художественных выставок, мастерские художников.