В начале XVII в., при захвате Новгорода шведскими войсками, Рождественская церковь была «разорена и развалилася», кельи и ограда были сожжены. По челобитной 1618 г. игумена Ефросинии к царю Михаилу Фёдоровичу Десятинный монастырь был восстановлен, царь одарил монастырь землями, снабдил церковной утварью и деньгами. К 1632 г. церковь Рождества Богородицы была восстановлена («пение есть»), построена келья. В 1764 г. Десятинный монастырь был причислен ко второму классу. В 1786 г. из упразднённого новгородского Варварина монастыря в Десятинный монастырь были перенесены мощи великомученицы Варвары, которые стали одной из главных святынь обители. В 1750 гг. в Десятинном монастыре проживали девять монахинь, к 1864 г. – 140 сестёр (17 монашествующих, 53 послушницы сверх штата, две сироты, 68 человек «по свидетельствам»). В 1817 г. при игуменьи Максимилле (Шишкиной) Десятинный монастырь посетила супруга императора Александра I, императрица Елизавета Алексеевна. Возможно, этот визит был связан с событием, получившим широкий резонанс в российском обществе. Дочь разжалованного офицера, который отбывал ссылку вместе с семьёй в деревне Жиляковке близ Ишима, Прасковья Луполова полтора года добиралась из Сибири в Санкт-Петербург, чтобы испросить за отца прощение у императора Александра I и вернуть семью из ссылки. Царь, узнав о подвиге девушки, которая ради любви к близким проделала такой долгий путь, простил её отца и выдал ей денежное пособие. Решив принять монашеский постриг, Прасковья поселилась в Десятинном монастыре послушницей. 4 декабря 1809 г. Прасковья Луполова скончалась, не успев принять постриг. Эта история легла в основу сюжетов многих литературных и музыкальных произведений, в том числе французских писателей Мари Софи Коттен (роман «Елизавета, или Ссыльные в Сибири»), Ксавье де Местра (повесть «Юная сибирячка» или «Молодая сибирячка») и Николая Алексеевича Полевого (пьеса «Параша Сибирячка»). Точное место захоронения Прасковьи Луполовой исследователям неизвестно. Краеведы Руф Гаврилович Игнатьев, Василий Павлович Ласковский полагали, что оно находилось под Рождественским собором. В начале XX в. здесь было устроено каменное надгробие, помещена картина, на которой изображена Прасковья в монашеской одежде на фоне обители. Иван Киприянович Куприянов, ссылаясь на рассказ престарелой монахини, предположил, что могила была обнаружена при закладке в 1824 г. каменного Варваринского придела (с южной стороны от Рождественского храма) и оказалась под его алтарём. В начале XX в. в гостинице, недалеко от главного входа в монастырь, 16 лет проживала прозорливая старица Мария Михайловна.