28 марта 1964 г. в патриаршей резиденции в Сан-Франциско состоялась встреча Мар Ишая Шиммуна и митрополита Мар Йосепа Хнанишо, на которой было решено перейти на григорианский календарь и внести в богослужение ряд незначительных изменений. Пасха в том году всеми общинами Церкви Востока праздновалась уже по новому календарю. В 1965 г. багдадский священник Хошаба Тома из Зарни и священник Исхак Инвия из Ашиты, поддержанные ассирийскими лидерами, в частности, сыном упоминавшегося Малика Хошабы пресвитерианином Маликом Юсифом Хошабой и Маликом Гаги Теем, отвергли григорианский календарь. Они телеграфировали об этом в Индию Мар Томе Дармо, призывая его приехать и возглавить оппозицию Мар Ишаю Шиммуну. Приверженцы патриарха направили ему телеграмму с требованием этого не делать. В начале сентября 1968 г. Мар Тома прилетел в Багдад, где был восторженно встречен призвавшими его оппозиционерами во главе с Юсифом Хошабой и священником Исхаком Инвией. 7 сентября было издано постановление правительства Ирака, лишавшее находившегося в изгнании Мар Ишая Шиммуна права именоваться главой Церкви Востока и ассирийского народа и передававшее это право Мар Томе Дармо. Девять церквей были выведены из-под власти патриаршего представителя митрополита Мар Йосепа Хнанишо и переданы Мар Томе. В течение двух недель Мар Тома совершил ряд архидиаконских и архиерейских хиротоний и был принят президентом Ирака Ахмедом Хасаном аль-Бакром и патриархом Халдейской католической церкви Мар Полосом Шейхо. 11 октября 1968 г. он был избран патриархом. Интронизация проводилась в багдадском соборе поставленными им архиереями. Ни один из епископов, подчинённых Мар Ишай Шиммуну, не перешёл на сторону Мар Томы. 7 сентября 1969 г. Мар Тома скончался в Багдаде. Стало известно, что между сторонниками Мар Шиммуна и иракскими властями идут переговоры. В декабре 1969 г. президент Ирака предложил патриарху написать послание к пастве с призывом быть верными действующей власти. После опубликования в феврале 1970 г. составленного Мар Ишаем Шиммуном послания иракское правительство аннулировало постановление, передававшее девять церквей приверженцам Мар Томы.