В результате провала британской политики в Ираке ассирийцы оказались преданными и пострадали во время националистической резни, развязанной новой иракской властью. Это обострило противостояние патриаршей семье, пользовавшейся покровительством англичан, некоторых ассирийских племён, в особенности Н. Тияри, во главе с Маликом Хошабой. Этот лидер принял католичество и был настроен и против британцев, и против патриаршей семьи. В 1945 г. Мар Тиматеос Авималек умер, и митрополичий престол Церкви Востока в Индии оставался вакантным до 1952 г., когда Мар Ишай Шиммун в Калифорнии поставил на него Мансура Дармо с именем Мар Тома. В июле 1952 г. тот прибыл в Тришур (Тричур), центр индийской митрополии Церкви Востока, и приступил к служению. В августе 1955 г. Мар Ишай Шиммун ездил в Лондон крестить племянницу. Тогда же в газете «Church Times» была опубликована заметка каноника Дж.Э. Дугласа, где он высказал предположение, что патриарх ожидал рождения племянника и желал назначить его своим преемником. Копия этой заметки попала в руки Мар Томы Дармо, который направил патриарху письмо с жёсткой критикой его предполагавшегося намерения назначить себе преемником новорождённого. Отношения в результате этого выпада были испорчены. В декабре 1961 г. Мар Ишай Шиммун был приглашён принять участие в третьей Ассамблее Всемирного Совета Церквей в Нью-Дели. Индийская община Церкви Востока приветствовала своего патриарха, но Мар Тома не разделял общего энтузиазма. Напряжённость в отношениях между ним и патриархом возрастала. В 1963 г. издательством индийской митрополии был выпущен памфлет «Церковь Востока и наследственное преемство», в котором отвергалась законность поставлений, совершённых в порядке наследственного преемства. Письмом Мар Ишаи Шиммуна из Сан-Франциско от 10 января 1964 г. Мар Тома был запрещён в служении и отстранён от управления митрополией. В ответ он публиковал в своём журнале «Voice of the East» статьи против патриарха и рассылал журнал общинам Церкви Востока в Ираке, Сирии, Ливане, США и других странах.